※ 引述《hgsfhevil (evil)》之銘言： : 這題目是預測,但是,不需要用到那麼複雜工具ex:svm or HMM : 候選的exonic splicing enhancer(ESE) motif,我把它長度設為6nt(hexamer) : 其實,主要有兩個重要屬性(由以往實驗驗證所推論) : (1) : ESE motif 出現在exon的頻率,會比在intron高 : (2) : ESE motif 出現在exon with weak splice site,會比在exon with strong splice site高 : 因此,我要統計hexamer在exon,intron,exon with weak splice site,exon with strong : splice site 出現的次數,之後,根據上述兩個屬性,去做處理 : 我的目的是確認產生出來的結果是對的嗎? : 但是,我的結果可以預測出大量的候選ESE motif,當然,程式方面一直有在驗證 : 因此,我想了解一些日本型水稻的相關生物資訊,例如:水稻轉錄體A,T,C,G的比例,或是 : exon,intron,A,T,C,G各自比例,從大家提供的資訊,來判斷我的結果是否正確 : >""<畢竟,水稻ESE motif 沒有實驗驗證出來的結果,我無法確認我的結果阿 : ps:我昨天才會推文,看到大家意見,我才發現,大家誤解我的意思 Exon and intron content的資訊這個你自己算就可以得到了吧! 你既然都可以去得到這些motif 你要算這些nt的頻率應該沒有什麼困難的 但我認為這樣可能沒有辦法提供什麼有用的證據 我有一些想法你可以參考看看 由於目前splice的過程有幾個功能比較清楚的protein 例如SF2, SC35, SRp40, SRp55等 這些protein的ESE matrix已經建立出來了 雖然這是在mammalian上的protein 我不確定在植物上是否也有類似的機制 如果植物上也有類似的機制的話 那我們也許可以拿來當作證據 你可以先針對你預測到的ESE做cluster 然後將同一個cluster的序列建出一個matrix 然後再去跟這些已知與splicing相關的protein的matrix比較 如果有類似的profile出現 那也許你做出來的東西是對的 ESE finder裡面有提供這些splcing相關protein的matrix http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/tools/ESE3/esefinder.cgi?process=matrices 我不能確定這個方法可不可行 但這是我目前想得到 而且證據比較強烈的方法 --

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