作者auymle (.....)
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標題Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree
時間Tue Jun 10 14:01:29 2008
※ 引述《auymle (.....)》之銘言：
: 我介紹一個工具好了
: 是中研院統計所老師所開發出來的工具
: 叫做GAP (Generalized Associated Plots)
: 網址在這http://gap.stat.sinica.edu.tw/Software/GAP/
: 雖然還只是beta版本
: 但是該有的功能都有了
: 雖然還有一些不人性化的地方
: 例如檔案輸出的部分還沒有很好
: 所以我圖大部分都是用print screen的方式弄出來
: 如果不知道該怎麼用
: 或者出來的圖不知道怎麼解讀的話
: 可以再問我
我介紹的這個軟體主要是用來做clustering的visualization
剛剛又稍微看了一下你的問題
發現我介紹的這個工具好像不是很符合你的需求
如果只是純粹要從pairwise distance matrix
畫phylogeneitc tree的話
其實還真的有很多工具
剛剛看到一個感覺還不錯
畫出來的圖還不致於太醜
只是不知道好不好用
他的網站在這
http://pearl.cs.pusan.ac.kr/phylodraw/
他的paper:
http://tinyurl.com/4bvpmn
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.151.4
※ 編輯: auymle 來自: 140.129.151.4 (06/10 14:02)
1F：推 huggie:請問你 google 的時候參數下些什麼? 06/10 14:09
2F：→ auymle:distance matrix treeview 06/10 14:13
3F：→ afra33:哈 :P 謝謝 06/10 16:03
4F：→ afra33:使用結果: 這個程式似乎只能output出 圖檔的tree 06/10 17:57
5F：→ afra33:^^ 還是謝謝你 06/10 17:57
6F：推 realism:你要做的事情應該跟我ㄧ樣 不過我想問你的dist檔案格式? 06/10 20:22
7F：→ afra33:我不清楚distance有什麼特別的格式耶 我就只是一個2*2的 06/12 14:27
8F：→ afra33:table那樣而已 06/12 14:28
9F：→ afra33:使用phylodraw時，我按照著她的sample file作出一個 06/12 14:28
10F：→ afra33:讀進檔案之後就可以畫出tree了 不過她的tree之後只能以 06/12 14:29
11F：→ afra33:圖片格式輸出 (也就是branch不能轉就是了) 06/12 14:29
12F：推 realism:我用tree-puzzle做出Matrix再用FastME來跑BIONJ 06/12 16:21