作者wwfc (月老工读生)
看板Statistics
标题[程式] Hierarchical Clustering
时间Tue Jul 12 15:16:50 2011
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[软体程式类别]:
R
[程式问题]:
Hierarchical Clustering
[软体熟悉度]:
高(1年以上)
[问题叙述]:
小弟目前用大肠直肠癌病人甲基化的资料做 clustering。
我老板希望图长得像这样：
http://ppt.cc/XO7p
图的出处是
"DNA methylation profiling reveals novel biomarkers and important roles for
DNA methyltransferases in prostate cancer"
published on Genome Research
x轴是癌症/正常细胞，y轴是不同位点甲基化资料，对x轴做cluster，
顶端那些dendrogram要依照癌症/正常细胞分成蓝色跟红色，
试了几个R常用的package都没有发现类似的功能。
其实我也蛮好奇，当两个细胞要合并成一组的时候，
如果一个是红色，一个是蓝色，那合在一起之後应该用那种颜色？
想请问版友有没有画过类似的图，或是看过类似的paper。
如果有烦请告知小弟，不胜感激。
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 211.76.175.169
1F：→ clickhere:?layout 把图拆上下两张,分开画. 07/12 23:20
2F：→ clickhere:蓝+红=?紫, 颜色得要自己改. 07/12 23:21
3F：→ wwfc:谢谢c大的回覆。^^ 07/14 11:03