作者kirovmei (大铁围山西面第一重海)
看板Statistics
标题[程式] normalize.quantiles 以及相关问题
时间Tue Oct 6 04:52:46 2009
[软体程式类别]:
R
[程式问题]:
Import/Export & normalize.quantiles 相关问题
[软体熟悉度]:
一年左右 但使用断断续续
[需求描述]:
小弟我现在有一个 以tab分隔的资料档(data.txt)格式如下
数值是譬喻
row 有2970条(含Header一行),Col 35条(含[ID]一行)
[ID]tab [con1]tab [con2] tab [con3]... tab[con34]
[ID1] tab 1.01 tab 0.211 tab 1.67 .......tab 0.231
[ID2] tab 2.31 tab 4.121 tab 0.145...
.
.
.
[ID2969] tab 0.146 tab 0.631....
我想要
1.读取
2.之後做"Quantile Normalization"
3.输出成新的一个文字档(Tab分隔),
但是排列方式与顺序跟原本资料档案一样
执行中都正常没出问题
但是最後的 NEW_data.txt
却显示这样
[ID1] tab [ID2]tab [ID3] tab ... tab[ID5]
[ID6] tab [ID7]tab [ID8] tab ... tab[ID10]
.
.
.
[ID2965] tab [ID2966] tab [ID2967] tab... [ID2969]
.
.
.
之後才接计算过的数值,但也是列出五个就换行
[程式范例]:
raw <- read.table(file="c:/data.txt", sep = "\t", header=TRUE) #读入文字档
library(preprocessCore) # 要做(QN)Quantile Normalization要先载入
X<-matrix(as.matrix(raw), nrow=1) #将raw转换成 matrix, QN要求的
normalize.quantiles(X,copy=TRUE)
write(X, file = "c:/NEW_data.txt", ncolumns = 1, append = FALSE, sep = "\t")
想要请教各位先进,
1.程式码错误的部分
2.Header 以及row.name最後为什麽不会列出来?
3.Quantile Normalization 用法是否正确? 另外该如何检验做出来的数据可信
困扰好几天了,麻烦各位前辈了
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◆ From: 61.228.24.63