想请教的问题：这篇 paper 後面有画 3D-PCA Score Plot 请问这篇 Paper 用来做 PCA 的变数是？ Metabonomic Study of Aristolochic Acid-Induced Nephrotoxicity in Rats http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/jprobs/2006/5/i04/abs/pr050404w.html 这一篇的 introduction 翻译： 代谢体学是现今在研究生物体运作机转的新兴方法。 它可以被应用於研究不同生理环境(例如是否感染某疾病或食用某种物质)的条件下， 检视个体的代谢产物群其成分的相对含量， 并藉由其成分的相对含量推论在该生理环境下，代谢机制的改变情况。 在此类研究中常用的工具包含电喷雾离子分光仪并用液体分光仪(HPLC-ESI-MS)， 在某些研究中还会加上其他分析仪器， 例如核磁共振(NMR)和气相管柱层析并用质谱仪(GC-MS)。因着这些仪器的解析度、 敏感性和可重复使用性，都成为代谢体学这样的研究模式下常会用到的工具。 此外，在这样的研究模式下，某些统计技术也成为在标定疾病的生物标定物时的方法， 这些技术包含主成分分析(PCA)、部分最小平方法(partial least square)、 类神经网络(artificial neural network)和ANOVA-同步成分分析(ASCA)。 在本篇研究中，研究者主要是探讨由马兜铃酸(Aristolochic acis, AA) 引发肾中毒的个体，其代谢产物中成分相对含量的情况。 过去曾有回报出个案在食用含马兜铃酸的植物後产生急性肾衰竭的情况， 也有个案在使用别的含此物质的植物後出现末期肾脏疾患的症状。然而， 即便马兜铃酸和肾藏机能有所关联，但其病理机制却仍不清楚。 研究者基於此点，在这篇研究中，利用现今在代谢体学上常用的技术 液体管柱层析并用质谱仪(LC-MS)分析法，并并用一些图形辨认技术， 研究大鼠(Rat)在中毒初期、中毒过程和肾病复原过程的尿液代谢物， 并加以利用一些统计技术的分析，包含利用PCA区分健康老鼠和中毒老鼠、 利用线性区辨分析(LDA)来分析尿液代谢物间的相对含量大小等。 期望藉由代谢体学研究的模式，在仪器和统计技术的搭配下， 可以对马兜铃酸损伤肾脏机能的病理机制有更深的了解。 --

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