作者pp61022 (fight)
看板R_Language
标题[问题] plot label overlapping
时间Tue May 22 23:35:09 2018
[问题类型]:
程式谘询(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麽用R 写出来)
[软体熟悉度]:
使用者(已经有用R 做过不少作品)
[问题叙述]:
我想要自己画出circle of correlation，有顺利画出，
但是由於我的资料的共变异数矩阵有结构性，
有好几个变数的分配是一样的, 所以去做主成分之後，
这几个相关系数是很接近的，所以PLOT上面的LABEL就叠在一起了，
但变数实在太多，没办法自己慢慢给定他label的位置，
ex. X1~X4相关系数很接近，X5~X8相关系数很接近，X9~X18相关系数很接近。
变数实际上更多，这里是小范例。
如下图所示，
https://imgur.com/a/ewGenyB
我有查到有避免label overlapping的函数，
但似乎都只能跟ggplot2、lattice搭配才能使用，
但ggplot2与lattice好像不能画出circle of correlation plot，
想问版友有没有遇过类似的问题，可以怎麽解决这种label重叠的问题，谢谢大家。
[程式范例]:
我的程式码如下：
PCA.cor
Comp.1 Comp.2
[1,] -0.4004015 -0.91530070
[2,] -0.4031804 -0.91388941
[3,] -0.4009309 -0.91467268
[4,] -0.4051744 -0.91267974
[5,] 0.9511231 -0.30135543
[6,] 0.9435535 -0.32519751
[7,] 0.9466522 -0.31579510
[8,] 0.9435672 -0.32456862
[9,] 0.9987228 -0.01456728
[10,] 0.9980840 -0.02914308
[11,] 0.9977504 -0.03330187
[12,] 0.9981728 -0.02351494
[13,] 0.9976536 -0.02976503
[14,] 0.9984927 -0.01768483
[15,] 0.9980019 -0.02672811
[16,] 0.9976367 -0.04240636
[17,] 0.9976763 -0.03634121
[18,] 0.9984849 -0.01990170
corrplot <- function(pca.cor, main){
a <- seq(0, 2*pi, length = 100)
plot(cos(a), sin(a), type = 'l', col="gray",
xlab = "PC1", ylab = "PC2", main=main)
abline(h = 0, v = 0, lty = 2)
# Add active variables
arrows(0, 0, pca.cor[, 1], pca.cor[, 2],
length = 0.1, angle = 15, code = 2)
# Add labels
text(pca.cor+0.05, labels=1:100, cex = 1, adj=1)
}
[环境叙述]:
请提供 sessionInfo() 的输出结果，
里面含有所有你使用的作业系统、R 的版本和套件版本资讯，
让版友更容易找出错误
[关键字]:
label overlapping
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 59.115.206.241
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/R_Language/M.1527003312.A.EC2.html
※ 编辑: pp61022 (59.115.206.241), 05/22/2018 23:38:41
※ 编辑: pp61022 (59.115.206.241), 05/22/2018 23:44:52
1F：→ andrew43: 我的经验中最接近的是vegan::orditkplot() 05/23 02:23
2F：→ andrew43: 刚好该function可以接受同套件中rda()结果而rda()可以做 05/23 02:24
3F：→ andrew43: PCA 05/23 02:24
4F：→ andrew43: 但如果是要输出成图档要美观，我会用inkscape认真调啦 05/23 02:25
5F：推 cywhale: ggplot2可以画PCA没问题，其实就只是把主成分两个轴当X,Y 05/23 08:25
6F：→ cywhale: arrow 可以用geom_segment 图标重叠用ggrepel中的 05/23 08:26
7F：→ cywhale: geom_text_repel or geom_label_repel 很好用 05/23 08:27
8F：→ cywhale: 我推荐这个，如果你不想试ggplot 上次看到factoextra 05/23 08:30
10F：→ cywhale: 有repel=TRUE 功能，可以试看看，可能没有ggrepel强 05/23 08:31
11F：推 seimwiwa: 推ggrepl 05/23 10:32
12F：→ pp61022: 谢谢各位的建议 我再尝试看看 谢谢大家！ 05/24 00:29