作者psinqoo (零度空间)
看板R_Language
标题Re: [问题] 用system功能送job给cluster
时间Sat Nov 11 22:55:50 2017
我最近也用到 从R 下 system cmd
用R paste0 system 指令 里面不能断行
太长的 先 paste0 把命令断成 2个 然後再拼
※ 引述《hkopee123 (..)》之铭言：
: [问题叙述]:
: 我有个R script长这样
: 档名是 Rcode.r
: 里面包含
: system (paste ("qsub /path/test.sh", sep=""), ignore.stdout=T, wait=T )
: q("no")
: 我想使用这个 R script 送 shell script job 给 cluster 执行
: 我在 terminal 画面打上
: $ rR Rcode.r
: 执行後却出现 sh: qsub: command not found 的错误讯息
: 当我在terminal进入R画面
: 直接打上一样的 R script
: > system (paste ("qsub /path/test.sh", sep=""), ignore.stdout=T, wait=T )
: 我却可以成功把job送出去
: 并且执行完成
: 我确定当我打$ qsub test.sh
: terminal可以正常的送job出去
: 但当我透过R 用system这功能送job时
: 却回覆command not found的错误
: 为什麽会这样呢??
: ps. 我也试过
: system (paste ("/usr/torque/bin/qsub /path/test.sh", sep=""),
: ignore.stdout=T, wait=T )
: 但一样出现
: sh: /usr/torque/bin/qsub: No such file or directory
: [程式范例]:
: [环境叙述]:
: [关键字]:
:
: 选择性，也许未来有用
:
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