R_Language 板


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[问题类型]: 程式谘询(我想用R 做某件事情,但是我不知道要怎麽用R 写出来) 不晓得标题这样下对不对,我想要计算多比不等长的资料(存在list) 举例:共四笔资料,我想要运算1 vs 2,3,4 ; 2 vs 3,4 ; 3 vs 4 (vs:比较或是运算,并且重覆的不算) 效能谘询(我想让R 跑更快) 我已经有使用多层for loop将上述描述实作完毕,但是回圈多层,运算效能非常差... [软体熟悉度]: 使用者(已经有用R 做过不少作品) 算是有学了一阵子,但感觉程式逻辑还是很差 [问题叙述]: 如上述,我要运算多笔资料,且作两两比较,目的是将计算的结果使用矩阵表示 举例:共四笔资料,1,2,3,4 想要两两比较,并以矩阵方式表示 (如下图) 1 2 3 2 1vs2 3 1vs3 2vs3 4 1vs4 2vs4 3vs4 [程式范例]: 我直接贴程式码,并以注解的方式解释 实际上我要做的是修改DTW这个套件,并已经将里面的内容改成我要的运算方式 sample_list<- list(1,2,3,4) # 有几笔资料就设定list放几笔的资料 tmp1 <-list() i <-1 for(i in 1:3){ tmp <- lapply(sample_list, function(x) x+i) tmp1[[i]] <- unlist(tmp) tmp1[[i]][which(tmp1[[i]]>4)] <- NA } # for 1 到 3(4笔资料-1自己),逐步随着i值相加,最後将大於4的设为NA tmp1 <-lapply(tmp1, function(x) x[!is.na(x)]) # 把NA 删掉 tmp_vector<-vector() for (i in 1:3){ for(k in 1:length(unlist(tmp1[i]))){ for(j in unlist(tmp1[i])[k]){ kai<-kai_dtw(x=unlist(data.list[i]) ,y=unlist(data.list[j]), g=0, step.pattern = symmetric1) tmp<- kai$distance tmp_vector <- c(tmp_vector,tmp) } } } # 多层回圈,达到我要两两比较的意境,当中的kai_dtw是我修改演算法的函式 它对应的x与y一定要unlist,後面就是将其取distance存在vector中 tmp_vector1 <- matrix(nrow = 4,ncol = 4) tmp_vector1 <- as.dist(tmp_vector1) tmp_vector1[1:6] <- tmp_vector # 创一个空的矩阵(tmp_vector1)m,并转算距离矩阵的形式,将前述得到的vector 填入,得到我要的结果 [关键字]: dtw , 距离矩阵 ,两两比较 以上 就是我的问题叙述,不晓得有没有表达清楚 基本上就是多层回圈太慢了,我也正在尝试使用lapply家族进行运算 谢谢~~ --



※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 140.116.86.113
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/R_Language/M.1504073346.A.4C9.html ※ 编辑: pk790127 (140.116.86.113), 08/30/2017 14:20:04 ※ 编辑: pk790127 (140.116.86.113), 08/30/2017 14:21:59
1F:→ andrew43: 我觉得瓶颈应该是你的演算法不够快,倒不是填值的loop 08/30 14:27
2F:→ celestialgod: preallocation 08/30 20:10
3F:→ celestialgod: 还有 你有必要先搞动[跟[[.... 08/30 20:10
4F:→ celestialgod: 懂 08/30 20:10
5F:→ celestialgod: kai_dtw这个函数怎麽实做讲出来比较快 08/30 20:11
6F:→ celestialgod: 这个函数可能是最大的瓶颈 08/30 20:11







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