作者Neisseria (Neisseria)
看板R_Language
标题[问题] RMySQL 无法连线
时间Fri Nov 27 14:41:36 2015
[问题类型]:
程式谘询(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麽用R 写出来)
[软体熟悉度]:
入门(写过其他程式，只是对语法不熟悉)
[问题叙述]:
OS: Debian GNU/Linux Jessie (8.0)
MySQL 版本：MariaDB 10.0.22
我想用 R 连接到 MySQL 资料库，却出现以下错误讯息：
Failed to connect to database: Error: Can't connect to local MySQL server
through socket '/tmp/mysql.sock'
已排除资料库端的问题，我自已用 MariaDB 的 jdbc driver 可以连线
另外，我在自已的系统内，找不到 mysql.sock 这个档案
要透过其他的 package 来连线？
[程式范例]:
library('RMySQL')
envValue <- Sys.getenv(c("MIRNA_DB_USERNAME", "MIRNA_DB_PASSWORD",
"MIRNA_DB", "MIRNA_DB_HOST"))
mydb <- dbConnect(RMySQL::MySQL(),
user=envValue['MIRNA_DB_USERNAME'],
password=envValue['MIRNA_DB_PASSWORD'],
dbname=envValue['MIRNA_DB'],
host=envValue['MIRNA_DB_HOST'])
[环境叙述]:
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Debian GNU/Linux 8 (jessie)
locale:
[1] LC_CTYPE=zh_TW.UTF-8 LC_NUMERIC=C
LC_TIME=zh_TW.UTF-8
[4] LC_COLLATE=zh_TW.UTF-8 LC_MONETARY=zh_TW.UTF-8
LC_MESSAGES=zh_TW.UTF-8
[7] LC_PAPER=zh_TW.UTF-8 LC_NAME=C
LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=zh_TW.UTF-8
LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] RMySQL_0.10.7 DBI_0.3.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.2
[关键字]:
MySQL
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 203.71.94.1
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/R_Language/M.1448606499.A.507.html
※ 编辑: Neisseria (203.71.94.1), 11/27/2015 14:43:30
1F：→ Wush978: 请附上错误讯息 11/27 14:56
2F：→ Wush978: 欧，我看到了。不过也没遇过。几个经验： 11/27 15:52
3F：→ Wush978: 1. 检查一下/tmp的权限问题 2. 检查/tmp的硬碟有没有满 11/27 15:53
4F：→ Wush978: 3. RMySQL应该是用C的library来作连线，所以jdbc测不准 11/27 15:54
5F：→ Wush978: 不然你就用RJDBC也可以 11/27 15:54
6F：推 psinqoo: RODBC 这包应该可以 资料库跟程式都在同一部机器上 12/01 13:04