※ 引述《soheadsome (师大狗鼻哥)》之铭言： : [问题叙述]: : 将.cel档（生物晶片）的内容画成跟affymetrix .dat ImageViewer类型的图 : 目前只知道使用affy的ReadAffy读出内容 : 然後用image（）去画黑白的图片 : 但不知道要怎麽画出跟类似附图的内容 : http://imgur.com/6cqCCQF : 还是有其他方式可以画出.cel档的内容呢？ : 附档: : https://goo.gl/wUR1t7 我测试了一下，这样应该是对的 只是你的附图是否对应到这个资料，我不确定 你可以在levelplot加入col.regions来调整颜色 ## install affy # source("http://bioconductor.org/biocLite.R") # biocLite("affy") library(affy) mat = ReadAffy("GSM21708.CEL") dat = data.frame(intensity(mat), x = rep(1:nrow(mat), ncol(mat)), y = rep(1:ncol(mat), each=nrow(mat))) library(lattice) levelplot(GSM21708.CEL ~ x + y, dat) levelplot(log(GSM21708.CEL) ~ x + y, dat) # partial library(dplyr) dat2 = filter(dat, x <= 200, y <= 200) levelplot(GSM21708.CEL ~ x + y, dat2) # mean library(magrittr) r = 1 G = ceiling(max(dat$x)/(2*r+1)) dat3 = dat %>% mutate(group = ceiling(x/(2*r+1))) %>% transform(group = group + G*(ceiling(y/(2*r+1))-1)) %>% group_by(group) %>% summarise(int2 = mean(GSM21708.CEL)) %>% mutate(xnew = group %% G, ynew = floor(group / G)+1) levelplot(int2 ~ xnew + ynew, dat3) # similar colorkey ramp = colorRamp(c("blue", "cyan", "yellow", "orange", "red", "white")) colorkey = rgb(ramp(seq(0, 1, length = 18)), max = 255) levelplot(GSM21708.CEL ~ x + y, dat, col.regions = colorkey) levelplot(log(GSM21708.CEL) ~ x + y, dat, col.regions = colorkey) --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 123.205.27.107 ※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/R_Language/M.1431779583.A.564.html ※ 编辑: celestialgod (123.205.27.107), 05/16/2015 20:36:50