※ 引述《sinclairJ (Jun)》之铭言： : 各位先进 又来请教问题了 谢谢大家指导 : 先上资料档 https://www.dropbox.com/s/s0rmp73n08qbyfl/test0430.csv?dl=0 : 第一部分 : #注：资料档中的NA值可先忽略 : #以下语法皆只能处理单栏资料 : ###读档并转成类别型资料### : temp=read.csv("C:\\Users\\Win\\Desktop\\test0430.csv",header=T) : for(i in 1:ncol(temp)) temp[,i]=as.character(temp[,i]) : ###MAF计算### : table.rs1=table(temp[,1]) #可知rs1的 0有116个,1有31个,2有2个 : #计算n : n0=116;n1=31;n2=2; : n=n0+n1+n2 : #计算minor allele frequencies(MAF) : p=((2*n0)+n1)/(2*n);q=1-p : maf=pmin(p,q) : 问题1：我该如何把每栏的rs用回圈的方式计算完 for(i in 1:ncol(temp)) { table.rs <- table(temp[,i]) n0 = table.rs["0"] # ... n = nrow(temp) # p, q, maf 都可以算出来了 } : 问题2：全部rs计算完毕後，若该rs计算出来的maf<0.05，就存到另一个csv档， : 其rs下的资料也要保留，因为要继续做後续的分析，所以新的csv档维度为149*栏数 存入csv的指令是write.csv 或write.table 你只要利用 if (maf < 0.05) { # 写入指令 } 就可以了 : 第二部分 : #注：资料档中的NA值可先忽略 : #以下语法皆只能处理单栏资料 : ###读档并转成类别型资料### : temp=read.csv("C:\\Users\\Win\\Desktop\\test0430.csv",header=T) : for(i in 1:ncol(temp)) temp[,i]=as.character(temp[,i]) : ###Likelihood ratio test for Hardy Weinberg equilibrium### : #以rs1为例 : obs=cbind(n0=n0,n1=n1,n2=n2) : exp=(cbind(p*p,2*p*q,q*q))*n : chisq=(obs-exp) : chisq.ratio=(chisq*chisq)/exp : hwe.chisq=apply(chisq.ratio,1,sum) : hwe.chisq.p=1-pchisq(hwe.chisq,df=1) : 问题3：我该如何把每栏的rs用回圈的方式计算完 : 问题4：全部rs计算完毕後，若该rs计算出来的hwe.chisq.p<0.05，就存到另一个csv档， : 其rs下的资料也要保留，因为要继续做後续的分析，所以新的csv档维度为149*栏数 : 以上是我的问题，有劳各位先进前辈指导，谢谢 以上都是类似的问题了 --

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