作者Oranga (橘阿)
看板Python
标题[问题] 读取巨大影像问题(33GB的图像)
时间Sat Mar 31 18:23:38 2018
大家好
小弟最近在处理一个医学的影像，是.mrxs的whole slide image。
就我现在所知，这类型影像的主要开启软体为Case Viewer，
但里头似乎并没有切割影像的处理功能。
以致於小弟必须整张slide输出转档成Tiff，碍於解析度不能掉，
整张图片大小高达33GB... 详细资讯如下
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BitsPerPixel 8
DimensionOrder XYCZT
IsInterleaved false
IsRGB false
LittleEndian true
PixelType uint8
SizeC 3
SizeT 1
SizeX 91904
SizeY 128512
SizeZ 1
BitsPerSample 8
Compression Uncompressed
FillOrder Pixels with lower column values are stored in the higher order bits
of a byte
ImageLength 128512
ImageWidth 91904
MetaDataPhotometricInterpretation RGB
MetaMorph no
NewSubfileType 0
NumberOfChannels 3
Orientation 1st row - top; 1st column - left
PhotometricInterpretation RGB
PlanarConfiguration Chunky
ResolutionUnit None
SamplesPerPixel 3
TileByteCounts 196608
TileLength 256
TileWidth 256
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想请问有没有大大知道任何可以处理此类大型图档的方法 ((跪谢
不管是用别的软体先做切割，或是python有办法读取部分图档也好，
不知道有没有类似方法> <
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2F：→ goldflower: .load()不会读全部档案 有点像(但不是)cursor吧 03/31 20:38
3F：→ goldflower: 我後面reshape那边在耍白痴... 反正就中间for在切 03/31 20:39
4F：推 ThxThx: 楼上这样要把图片全部load进memory... 03/31 20:39
5F：→ ThxThx: 我推荐LargeTIFFTools 03/31 20:40
6F：→ ThxThx: 喔喔不会是吗！？ 03/31 20:41
7F：推 goldflower: .load()是根据给的i,j去读pixel 不会全抓 03/31 20:51
8F：→ goldflower: 不过我只有试切一张几百MB的tif而已@@ 03/31 20:51
9F：→ Oranga: !! 感谢gold大大跟Thx大大 我这就来试~ 晚点禀报结果~ 03/31 22:13
10F：推 goldflower: 好奇所以後来行不行R? 04/02 13:44
11F：→ Oranga: 抱歉~ 後来有其他模组上的问题所以拖了很久 04/04 17:34
12F：→ Oranga: 他还是会整张读取 所以没办法>< 04/04 17:34