这是一篇在三月时候的报导... 在一看到这篇文章的第一时间.. 我就到JACS上面去找... 但是可能是我眼残.. 我并没有看到相关的报导... 老实说，我接触电脑辅助药物设计也有一段时间了... 也去过上海药物所跟那边的很有名的实验室有一些交流 不可否认的，现在翻开JMC等等的期刊 的确会看到有很多电脑辅助的相关文章 不过，在做了这些日子以来，也有一些不一样的感想 我也要提出来给各位参考交流一下 对於作药物的人而言，计画可以发paper很好， 但是却不是最重要的目的 当我们看到这些计画已经发表在期刊上的时候， 往往代表了几件事 1. 这个计画已经往前推到临床实验，而且老早就已经被发表专利 2. 这计画已经宣布放弃，只剩下发表学术报告的价值 3. 尤其是有关电脑的部份，几乎很少有继续发展下去的例子 所以，看这些期刊的时候，往往都是好几年前的结果 （如F1场上说的：当你看到这些东西，表示它都已经落伍过时了） 我所要说得是： 如果所谓电脑辅助药物设计（computer-aided drug discovery） 真的可以那麽有效， 那请问，现在为甚麽都不这麽作？ 事实上，经由电脑辅助设计成功的例子少之又少... 我曾经听过一位Merck药厂的研究主管的演讲 她说明了一件事情，另我感到十分震惊 在Merck药厂里面，有某一些assay 可以做到一次assay只做两个细胞(因为一定要死掉一半才可以测IC50) 一个高水准的High Throughput Screening 的机器人 在这样的assay平台支持下 Merck可以在一天之内，筛选超过200万个compounds 这是多麽惊人的速度？ 如果利用电脑的modeling ，不管是docking也好，QSAR也罢 甚至是pharmacophore based也可以 不仅现今的超级电脑的速度没有办法这麽快之外， 出来的结果还是一个没有办法证实的结果 请问以药厂的角度来说，HTS是眼见为凭的结果 这样她该相信谁？ 目前因为电脑的计算速度上越来越快，很多以前认为的瓶颈一一突破 但是最简单的 目前还没有人可以完整预测一段胺基酸序列（蛋白质）的3级结构 更何况一些基本的小分子跟蛋白质之间的induced fitting的问题 当这些问题都还没有办法解决之前 要药厂去相信电脑的结果 有点困难 我也问过一个跟GSK药厂有合作关系的日本教授 GSK新药研发单位里面 作电脑模拟以及实际作合成苦工的人还有作生物assay的人 人数比大约是在 1:40:40 这样的比例，说实在的，对作电脑辅助的人来说，是满沮丧的 但是现实就是这样 也许再过个几十年 当电脑在进化到一定程度 这技术就可以更加被相信吧... 不好意思，废话这麽多... Orz 有感而发，发发牢骚而已.. ※ 引述《pathoman (青黏材菌)》之铭言： : 计算机辅助药物设计高效低耗 : 德国研究人员近日发表一份报告声称，利用计算机辅助药物设计正离我们越 : 来越近。无需很久，包括癌症、关节炎、艾滋病在内的众多疾病相关药物将 : 完全产生于计算机，以往所依靠的经验式重复筛选法将被抛弃。报告将发表 : 在3月24日出版的《美国化学会志》（JACS）上。 : 尽管筛选并不是新药开发的唯一途径，但却是必不可少的手段，如何进行低 : 耗而高效的筛选、缩短药物产生的时间，一直是制药界不断追求的目标。 : 药物设计是多种科学交叉综合的产物，人类基因研究和蛋白组学的日新月异 : ，已给药物呈现了新的作用靶点和作用机制。现有的计算机资源也有足够能 : 力开展药物设计，分析潜力药物的化学结构并给出最佳候选药品。但影响吸 : 收、分布、消除等参数的检测范围过于宽泛，现有程序在区分有潜力开发成 : 药物的化合物和非药物材料的过程中，尚无法在同一时间筛出药物全部特征 : 。这种局限使计算机新药研发存在一定风险。 : 报告指出，研究员已建立一个既能体现渐进性又能体现高效率的程序系统， : 可在初步筛选出药物化学特征後立即给出细节。实验证明，新方法可以在 : 5000个分子中整理出92%的以往漏失的非药物材料，提高速度的同时还避免了 : 有潜力化合物的遗漏。 : 将设计工具和设计方法进行集成是提高效率最有效途径。表现在药物研发领 : 域即是创意问题解决理论与计算机辅助药物设计之间的结合。专家称这使新 : 药开发全速奔向一个新时代，而这一时代正是科学界期待已久的。 : http://www.bioon.com/biology/bioinfomatics/366971.shtml --

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