1. 领域：Biology 2. 期刊名称：Nature Communications (2015 IF: 11.47) 3. 被accepted/revised/rejected：Accepted 4. 投稿後大约多久才收到结果： Manuscript submitted 2015-02-11 Manuscript under consideration 2015-02-12 Manuscript with reviewers 2015-02-17 Awaiting resubmission 2015-03-31 (NCOMMS-15-02779A) Manuscript submitted 2015-06-30 Manuscript under consideration 2015-06-30 Manuscript with reviewers 2015-07-02 Awaiting resubmission 2015-07-12 (NCOMMS-15-02779B) Manuscript submitted 2015-07-17 Manuscript under consideration 2015-07-17 Manuscript with reviewers 2015-07-20 Awaiting resubmission 2015-07-24 (NCOMMS-15-02779C) Manuscript submitted 2015-08-03 Manuscript under consideration 2015-08-03 Accepted 2015-08-07 PDF proof available 2015-08-27 Annotated proof sending back 2015-08-29 Published 2015-09-18 5. Reviewer的数目：2 (第一轮共 9 comments, 4 与 5; 第二轮 2 comments, 2 与 0) 6. 心得： 这是博班主要的计画，主要是定序一种海洋生物的基因体。随着现在定序 的价钱愈来愈低，基因体的文章也愈来愈不值钱了。最近在 Nat Commun 还 看到一篇定两种蝴蝶再加做 CRISPR (注1) 的，然後随随便便 scaffold N50 (注2) 就跑到 1 Mb 以上，是想逼死谁... 这个计画从 2012 就开始做了，一开始是用 454 (现在公司已经收起来了)， 後来加用 Illumina 的 MiSeq 跟 HiSeq，最後加了一点 PacBio。 除了基因体的数据，我们也用了大量转录体，甚至蛋白质体。现在单一基因体 的计画要发好文章简直比登天还难了。有些是定了超多不同个体，大概 2011 到 2012 年左右之後是一个分水岭，比如说： 2013 年 Nat Genet: 两种乌龟 2013 年 Nature: 三种海洋无脊椎 2014 年 Cell: 89 只北极熊跟棕熊 2014 年 Science: 20 只兔子 2014 年 Science: 48 种鸟 (Order genome project 包了鸟所有的目) 2014 年 Nature: 四种绦虫 2014 年 Nat Commun: 两种蜘蛛 2015 年 Nat Genet: 三种海洋哺乳类 2015 年 Nat Genet: 69 只猪 或者是一个基因体加很多不同的转录体： 2013 年 Science: 一种栉水母基因体 + 另外 10 种转录体 2014 年 Nature: 一种栉水母基因体 + 另外 9 种转录体 2015 年 Nature: 一种章鱼 + 12 个组织的转录体 我们一开始也试投 Nature，但是三天就被退回来，建议转投 Nat Commun。 後来再试试看 Science，更快，两天就退稿，建议转投他们的新期刊 Science Advances。这些期刊退稿手脚非常俐落，几天到一周内就会有结果。 附带一提，根据投稿流水号，Nature 大概一天收到 50 篇投稿。Nat Commun 大概是每天 70 篇左右。所以有非常大量的稿件基本上编辑自己看个两下就 下决定了。以 Nat Commun 去年的发文量大约在 3,000 篇来看，每天收到 70 篇文章最後的接受率大约在 15-20%。 投稿完的状态，Nature 系列杂志似乎喜欢用 Manuscript under consideration，基本上如果编辑喜欢这篇文章，送审时间会在一周以内。 拿到 Manuscript with reviewers 表示这篇文章最起码被送外审了。 如果直接拿到 Decision sent to author 就是表示 GG 的意思。看一下 信箱就会看到罐头拒绝文。 第一次审阅的意见大概一个半月回来，编辑给三个月时间修改。最後文章修 了两轮，第一轮非常快，10 天意见就回来了，搞定了 reviewer 2 的意见， 表示可以接受。可是 reviewer 1 还不满意，编辑又给了六周。但是我已经 不想补那些实验了，会没完没了。 所以就补一些分析，然後 cover letter 跟编辑说明一下状况。最後一轮， 意见 4 天後就回来，reviewr 1 似乎也晓得我们的难处，也觉得我们的说 明很合理，也就接受了。 最後编辑给两周的时间做一些期刊格式上的修改，另外上传所有定序资料的 原始读取数据，我花了一些时间搞清楚怎麽把东西上传到 NCBI，然後请 NCBI 的人帮忙我们另外做一套基因体的注解 (NCBI 有一套他们的自动流程)。 编辑要求的修正结束後，约 2-3 周的时间拿到 PDF 档校稿，校稿完约再 三周登出。 距离投稿到登出来，大概七个多月，如果仔细看一下 Nat Commun 的文章， 其实都搞蛮久的，大概平均也要半年的时间吧。感觉是不注重速度比较在乎 品质的期刊。(我有另外一篇小的比这篇要晚投，晚修改，比这篇还早登出来。) 附带一提，2014 年 10 月以後所有投稿的文章都必须选择 open access (OA) ，用 Creative Commons (CC) 4.0 License。发表费用是 5,200 美金 约 17 万台币。是目前最贵的 OA 费用，不过我想如果文章被接受实验室应 该很乐意付才是。 以上，一点心得分享。祝大家投稿顺利。 注解： 1. 近来很夯的 genome editing 技术，是大肠杆菌用来防御病毒的免疫系统， 经由人为修改之後可以使用一条 RNA (guide RNA) 跟 cas9 这个蛋白质去 修改 DNA 的序列。 详细请看发明者 Jennifer Doudna 在 iBiology 的介绍： https://www.youtube.com/watch?v=SuAxDVBt7kQ 2. N50 是基因体片段 (contig 或 scaffold) 从大排到小，加起来，到了一 半基因体大小的那个基因体片段的长度。越长代表组得越好。 --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 111.107.60.147 ※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/PhD/M.1442684562.A.975.html ※ 编辑: biolenz (111.107.60.147), 09/20/2015 02:06:19 修低调一点~ ※ 编辑: biolenz (111.107.60.147), 12/12/2016 01:13:36