作者chong (CW)
看板Perl
标题[问题] 区块内取值
时间Wed May 7 01:31:09 2014
这是目前我手上的资料内容，因为它的内容很多，而现阶段我只要用到其中两项的资料，
所以试着写个程式去抓取，结果一直没办法达成我想要的目标！
档案部分内容：
ID 108_SOLLC Reviewed; 102 AA.
AC Q43495;
DT 15-JUL-1999, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.
DR PIR; S26409; S26409.
DR RefSeq; XP_004228450.1; XM_004228402.1.
DR EnsemblPlants; Solyc01g009590.2.1; Solyc01g009590.2.1; Solyc01g009590.2.
DR GeneID; 544145; -.
ID 109_SOLLC Reviewed; 102 AA.
AC Q43400;
DT 15-JUL-1999, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.
DR RefSeq; XP_004228450.1; XM_004228402.1.
DR RefSeq; XP_004228451.1; XM_004228403.1.
DR UniGene; Les.3896; -.
DR KEGG; sly:544145; -.
ID 110_SOLLC Reviewed; 102 AA.
AC Q43499;
DT 15-JUL-1999, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.
DR RefSeq; XP_004228450.1; XM_004228402.1.
DR RefSeq; XP_004228451.1; XM_004228403.1.
DR EnsemblPlants; Solyc01g009999.2.1; Solyc01g009999.2;
DR UniGene; Les.3896; -.
DR KEGG; sly:544145; -.
这是我试着写的程式码：
#!/usr/bin/env -perl -w
open my $file, "<", @ARGV;
while (<$file>) {
if (/^AC/) {
$_ =~ /(\w{6})/;
print "$1\t" if ($1);
}
if (/^DR/) {
$_ =~ /(Solyc\w+\.\d)/;
print "$1\n" if ($1);
}
}
close $uniprot;
上述程式码输出的结果会像这样：
Q43495 Solyc01g009590.2
Q43400 Q43999 Solyc01g009999.2
可是我想排出来的样式是：
Q43495 Solyc01g009590.2
Q43000
Q43999 Solyc01g009999.2
如果我把加了一个判断式在里面，没有比对到的部分就会变成空白行 :(
if (/^DR/) {
$_ =~ /(Solyc\w+\.\d)/;
print ($1) ? "$1\n" : "\n";
}
请问，我该如何修改它，才能输出成我想要的格式？谢谢
另外想问个问题，我在书上看到能进行多行的比对，
但书上的例子是整个内容一起比，
像上面的例子，可以看出来它是由「ID」开头的一行做为一个段落的起点，
然後接着数目不定的行数，
下一个「ID」才是另一个段落的开始。
我能够只针对两个「ID」之间的内容进行比对吗？
谢谢
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1F：推 CindyLinz:print($1 ? "$1\n" : "\n"); 05/07 03:15
2F：→ CindyLinz:然後你後面问的问题, 通常是用两层回圈, 外层把 ID 截出 05/07 03:16
3F：→ CindyLinz:来, 然後内层再处理截出来的内容 05/07 03:16
4F：→ CindyLinz:想耍帅才用一个 regex 搞定配 (?{ CODE }) 吃 XD 05/07 03:17
5F：→ chong:不行耶，因为由 DR 开头的行数不只一行，当它比对不到时， 05/07 09:47
6F：→ chong:就变成输出 \n ，这样一来就有很多空行了，该怎麽让程式 05/07 09:48
7F：→ chong: ^^^^打错 05/07 09:49
8F：→ chong:有没有办法能一次针对 DR 开头的行，一起比对，用"//m" ？ 05/07 09:50
9F：→ AntaresStar:如果你不介意最上面多一行空行 可以把\n换到Qxx前面 05/07 12:56
10F：→ chong:Good, 感谢各位！ 05/10 17:40
11F：→ hhs66317:如果你不嫌麻烦的话﹐可以加一个$flag﹐通过判断$flag标 06/01 09:44
12F：→ hhs66317:识来决定加\n。 06/01 09:45