作者seagal (待救的小米)
看板perl
标题Re: [问题]关於bioperl:::clustalW
时间Tue Oct 5 13:23:36 2004
这边是因为blast演算法的关系
一般序列比对 是利用dp (dynamic programming)
我们可以知道时间复杂度为O(n^2)
但 blast为了加速 他利用了生物的特性
某些排列组合的sequence不会出现
例如 ktup=3, ATT这种组合很少出现 (我乱掰的 我手边没资料哪种常出现)
因此 利用这特性blast可以很快的search
这也是我们需要设ktup缘故
※ 引述《plankton (我..凭什麽)》之铭言：
: : ktup是这个序列比对演算法的一个值
: : 代表相邻字母的长度
: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
: 没错~~我就是看这句话不懂@_@?????...
: 不懂为什麽要设这个?什麽是字母的长度??
: 序列不都是AAACTTGCCCG这样..一个字母的旁边不都是有两个字母吗????
: ~~>_<~~好奇怪啊...
: : 我印象中没错的话也是要去查blast的演算法
: martix我会再去ncbi看看的...谢谢^___^
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有兴趣做bioinformatic研究的请来跟随张老师的脚步
张老师目前想往proteomics方向研究
例如分析NMR, MS/MS data
谢谢
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◆ From: 140.109.73.177
※ 编辑: seagal 来自: 140.109.73.177 (10/05 13:27)