作者seagal (待救的小米)
看板perl
标题Re: [问题]关於bioperl:::clustalW
时间Sat Oct 2 22:48:27 2004
: (删)
: 这个我今天试过了
: 他出现的错误讯息是和Dumper相关...
: 好像是..我没有Dumper这个sub吧...我没有看的很清楚
Dumper是一个模组
应该perl default会有
: 下次我在看指细点好了..不过如果这是和Clustalw一样要另外 安装的话
: 可能是我没有装吧^_____^||||
: 谢谢这位大大提供不同的解决方法给我..
: ...嗯..不过还是很想要用ClustalW去解决
: 还有..正如之前这位大大所说的..我的Clustalw之前因该是没有安装好
: 今天後来就可以跑了
: 不过後来又有问题了
: 实在是不知道为什麽...??????
: document中有提及在linux下安装完後
: http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.0.2/
: Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.html
: 有个变数要设定...再跑程式
: 对於那个变数..我也不知道要怎麽设定
台湾最近这几年已经越来越重视bioinformatic
你要学习这类的演算法 除了上网查之外
也可以去做一些bioinformatic lab去借一些书来阅读
例如交大的黄镇刚老师 中研院的黄明经老师
第二种方法 你可以去上一些相关的课程
例如你门师大有生物资讯学程
中研院有生物资讯program 交大也有bioinformation研究所
有这麽多方式可以学习 相信有心的话慢慢的这些东西就可以上手了
至於blosum & ktup
blosum是一张matrix
常用的是blosum62
blast在跑的时候需要去blosum查表 详细资料你可以上ncbi查清楚
ktup是这个序列比对演算法的一个值
代表相邻字母的长度
我印象中没错的话也是要去查blast的演算法
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1F:推 plankton:谢谢^___^...我会再多看点资料的^_^ 140.122.211.135 10/05