※ 引述《seagal (待救的小米)》之铭言： : ※ 引述《plankton (我..凭什麽)》之铭言： : 如果你不是练习用途的话 : 建议你可以直接在linux下面使用ClustalW执行档跑出结果 : 再利用AlignIO去处理出来的结果 : ex. : use Bio::AlignIO; : my $io = Bio::AlignIO->new(-file => "receptors.aln", : -format => "clustalw" ); : 因为你使用ClustalW模组 他还是必须要去呼叫ClustalW执行档的 : 我不知道你的问题是否出在 你有没正确安装这个执行档 : 而且clustalw执行方式很简单 所以我才没有使用过bioperl的这个模组 : 你利用外部呼叫(ex `clutalw`, system('clustalw'))去执行他 : 以及使用ClustalW模组 谢谢...我大概懂你的意思了^___^ 不过这个我还没尝试过 所以大概要花一点时间试试看 : 根据我的经验 两种写出来的程式码是差不多简单的 : 是工作而不是练习需要 就不一定要坚持用bioperl完成搂~~~ 事情做的出来就好 : 下面贴给你blast范例 : 有分两个部分 : 1. local执行 : 2. under internet (删) 这个我今天试过了 他出现的错误讯息是和Dumper相关... 好像是..我没有Dumper这个sub吧...我没有看的很清楚 下次我在看指细点好了..不过如果这是和Clustalw一样要另外 安装的话 可能是我没有装吧^_____^|||| 谢谢这位大大提供不同的解决方法给我.. ...嗯..不过还是很想要用ClustalW去解决 还有..正如之前这位大大所说的..我的Clustalw之前因该是没有安装好 今天後来就可以跑了 不过後来又有问题了 实在是不知道为什麽...?????? document中有提及在linux下安装完後 http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.0.2/ Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.html 有个变数要设定...再跑程式 对於那个变数..我也不知道要怎麽设定 -- 其实我对於bioperl是个非常非常新的新手.. 因为需要所以才学的 像是ktuple matrix等..的设定..其实我也都不太了解那是什麽 看了英文也是翻的了中文也还是不懂 唉...所以问题可大了..只能想办法多看点资料 所以不知道各位大大有没有推荐的网站和书..谢谢.. --

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