作者plankton (我..凭什麽)
看板perl
标题Re: [问题]关於bioperl:::clustalW
时间Sat Oct 2 22:04:17 2004
※ 引述《seagal (待救的小米)》之铭言:
: ※ 引述《plankton (我..凭什麽)》之铭言:
: 如果你不是练习用途的话
: 建议你可以直接在linux下面使用ClustalW执行档跑出结果
: 再利用AlignIO去处理出来的结果
: ex.
: use Bio::AlignIO;
: my $io = Bio::AlignIO->new(-file => "receptors.aln",
: -format => "clustalw" );
: 因为你使用ClustalW模组 他还是必须要去呼叫ClustalW执行档的
: 我不知道你的问题是否出在 你有没正确安装这个执行档
: 而且clustalw执行方式很简单 所以我才没有使用过bioperl的这个模组
: 你利用外部呼叫(ex `clutalw`, system('clustalw'))去执行他
: 以及使用ClustalW模组
谢谢...我大概懂你的意思了^___^
不过这个我还没尝试过
所以大概要花一点时间试试看
: 根据我的经验 两种写出来的程式码是差不多简单的
: 是工作而不是练习需要 就不一定要坚持用bioperl完成搂~~~ 事情做的出来就好
: 下面贴给你blast范例
: 有分两个部分
: 1. local执行
: 2. under internet
(删)
这个我今天试过了
他出现的错误讯息是和Dumper相关...
好像是..我没有Dumper这个sub吧...我没有看的很清楚
下次我在看指细点好了..不过如果这是和Clustalw一样要另外 安装的话
可能是我没有装吧^_____^||||
谢谢这位大大提供不同的解决方法给我..
...嗯..不过还是很想要用ClustalW去解决
还有..正如之前这位大大所说的..我的Clustalw之前因该是没有安装好
今天後来就可以跑了
不过後来又有问题了
实在是不知道为什麽...??????
document中有提及在linux下安装完後
http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.0.2/
Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.html
有个变数要设定...再跑程式
对於那个变数..我也不知道要怎麽设定
--
其实我对於bioperl是个非常非常新的新手..
因为需要所以才学的
像是ktuple matrix等..的设定..其实我也都不太了解那是什麽
看了英文也是翻的了中文也还是不懂
唉...所以问题可大了..只能想办法多看点资料
所以不知道各位大大有没有推荐的网站和书..谢谢..
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