作者plankton (我..凭什麽)
看板perl
标题Re: [问题]关於bioperl:::clustalW
时间Sat Oct 2 21:44:06 2004
※ 引述《similai (西米露)》之铭言：
: ※ 引述《plankton (我..凭什麽)》之铭言：
: 你的code应该是没有问题，bioperl-run的模组好像呼叫执行档
: 都在/usr/local/bin里下，除了它提的几个软体可以额外指定环境变数外
: (eg. phylip, blast, genscan, eponine)，
: 所以请check一下clustalw的执行档是否存在 /usr/local/bin/clustalw
: 如果有安装在其它目录，做个symbolic link，
: 简单用bioperl-run来跑clustalw的话，我的例子是：
: 假设我有三条sequence，放在test.faa如下：
: >test_1
: aasdfasdfadfasdfasdfasdfasdfasdf
: >test_2
: asdfasdfasdfasdfasdfasdfasdfasdfas
: >test_3
: adfasdfasdfasdfasdfasdfasdfa
: 我就这麽写：
: use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
: @params = ('ktuple' => 2,
: 'matrix' => 'BLOSUM',
: 'output' => 'clustalw', #指定output format
: 'outfile' => 'test.aln'); #指定输出档案，可略
: $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
: $inputfilename = 'test.faa';
: $aln = $factory->align($inputfilename); #为一个AlignIO，看你接着要做什麽
: .....
: 其实上面等於是执行：
: clustalw align -infile=test.faa -output=clustalw -output=clustalw -ktuple=2
: -matrix=BLOSUM -outfile=test.aln
: 就会得到一个file叫 test.aln
: CLUSTAL W (1.83) multiple sequence alignment
: test_1 AASDFASDFA-DFASDFASDFASDFASDFASDF--
: test_2 -ASDFASDFASDFASDFASDFASDFASDFASDFAS
: test_3 --ADFASDFASDFASDFASDFASDFASDFA-----
: :******* *******************
: ps. 你该不会是化学系的那个学弟吧！
谢谢你....我今天有试试看..写的几乎和你一模一样
今天有跑出一些结果了....也跟你说的差不多
但是後来测试程式的时候...突然不行了
我怀疑是Clustalw.pm的错
不知道我到底是怎麽弄的~~>_<~~
现在可以跑clustalw的电脑不在身边
所以也没办法把错误讯息po上来问问各位..下次在请教你们
--
回答你最後一个问题...我不是化学系的^___^||||
如果你知道我id的意思大概就会猜到我是什麽系的了
谢谢
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