作者plankton (我..凭什麽)
看板perl
标题[问题]关於bioperl
时间Fri Oct 1 13:29:13 2004
因为...没有bioperl的版
所以想在这里问问看...不知道各位熟悉perl的大大
能不能顺便解惑...希望在这po问题..不会不太恰当^__^|||
我希望能利用bioperl中的clustalW来做多重序列比对
也就是利用bioperl中的 Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw
程式大约如下
@params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
$factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
$inputfilename = 't/data/cysprot.fa';
$aln = $factory->align($inputfilename);
......等
跑了之後
结果告诉我说我的参数有问题
也就是第一行的地方...
经过网路的查询之後..我发现这个范例的参数是设给protein的
因此我去找这个范例中的"cysprot.fa"档>>>protein的FASTA档<<<
并且复制到相同的路径下
但在执行的时候他仍就告诉我参数"ktuple"&"matrix"有问题
想请问各位大大我该如何解决...
或者是各位有任何的多重序列比对的范例可以借我参考吗??
再或者..有任何好的网站或书可以推荐我自己去看??
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很不好意思...因为自己摸了好久...又弄不懂...找不到人问
所以只好到这个版来求救?希望有经验的大大可以伸出援手..谢谢
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※ 编辑: plankton 来自: 140.122.211.135 (10/01 13:30)