作者touyalin (叭噗人)
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标题Re: [菜单] Gaussian 03 模拟计算用PC
时间Thu Nov 6 15:07:51 2008
※ 引述《sonyc503 (燃烧吧我的小宇宙)》之铭言:
: 看你的IP 应该跟我一样在同一栋大楼
: 如果你真的要跑Gaussian03 就算配上Intel最快的i7还是要算很久很久.....
: 而且要装Linux版的Gaussian不是件容易的事 @@
: 如果你们老师有国科会计画的话
: 建议直接申请新竹国家高速计算中心的Cluster来用比较省时省力
: 像是 Hp Superdome、IBM Cluster1350 都是很好的选择
: 像我用来丢Gaussian03 JOB的电脑 只要能开KKMAN就能丢了 :P
: PC要算一星期的东西 丢上去Cluster几小时或几分钟就算完了
: 不过如果能跟老师凹到拿i7来开KKMAN或PCMAN也是很爽的事啦 XD
: 一点建议给你参考参考
装linux版的gaussian 03 并不会很难,
家目录下的.login 或是/etc/profile 设定好 path 就可以跑了。
在linux下平行处理的效能都比 windows下要好上太多,
也因此我们计算工作站都是 linux 系统,此外,
gaussian 03 也可以用 compilier (特别是 intel 出的)来最佳化,
大约会再增加 10% 左右的效能。
至於高速电脑中心的cluster,
我们实验室有申请 IBM 1350, IBM P690, P690A,
HP 64bit cluster, Formosa II HPC cluster,AMD 16P
等这几台 cluster 的使用帐号,不过上述机器都有 cpu time 的限制。
不可否认的,在高速电脑中心用来跑小分子系统的确是满快的,
但是大分子系统可能连一个 link (特别是link 1002) 都没办算完就会被系统 kill 掉,
而且 gaussian 03 需要算完一个 link 才能 restart,
因此对我们而言大分子系统的计算,
只能在实验室的机器上完成。
当然,计算时间与所使用的计算方法有很大的关连性,
我不确定您是在何种 level 下计算您的系统,
在 pc 上跑一星期,到高速电脑中心算只要几小时或几分钟算完,
我个人觉得有点夸张就是了,除非您的 pc 是很旧的机器。
以我自己的经验来说,
Q6600 与高速电脑中心同样以 4 cpu 来计算同一个 job,
其实速度上是不会差异太大的。
会这麽期待这一次 intel 的i7,
大部份网路上的评测都说明 i7 具有强大的效能与计算能力,
建置一台 i7 的系统也远比建置一台双路Xeon的系统要来的便宜多了,
Xeon E5440*2 的工作站就要 150k,
i7 大约 50k, Q6600 大约 25k,
如果 i7 可以跟前一代 Xeon 效能打平或是接近的话,
其价格效能比是相当不错的。
ps:
买 i7 来开 pcman 来丢 job 实在太浪费了。 囧rz
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