课程名称︰生物资讯学 课程性质︰资工系选修 课程教师︰曾宇凤 开课学院：电机资讯学院 开课系所︰资讯工程学系 考试日期（年月日）︰2024/04/03 试题 : 简答题（共 60 分）： 1. 请解释何谓 Gene Ontology (5分) 2. 请解释 basic local alignment search tool 的意义及目的？ (5分) 3. 请比较 Affymetrix 晶片和 Nimblegen 晶片制程上的异同及其优缺点 (10分) 4. 请解释何为 digital PCR? (10分) 5. 请解释 Gene Set Enrichment Analysis 的目的及作法 (10分) 6. 生物资讯学涉及多个不同领域的学科。请举出其中子领域的名字并解释其应用。(20%) 每题 5 分 1. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 和 MSA (Multiple Sequence Align- ment) 在序列比对上及应用上有何不同？ 2. 利用以下 BLOSUM62 substitution matrix 和 affine gap penalties (Gap opening penalty: -10; gap extension penalty: -2) 计算以下序列 A 和序列 B 序列比对结果 的原始分数 (raw score). 序列 A FSITPAAPSY 序列 B F-I EP- - PSG BLOSUM62 substitution matrix C S T P A G N D E Q H R K M I L V F Y W C 9 -1 -1 -3 0 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 S -1 4 1 -1 1 0 1 0 0 0 -1 -1 0 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 T -1 1 4 1 -1 1 0 1 0 0 0 -1 0 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 P -3 -1 1 7 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -4 A 0 1 -1 -1 4 0 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -3 G -3 0 1 -2 0 6 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -4 -4 0 -3 -3 -2 N -3 1 0 -2 -2 0 6 1 0 0 -1 0 0 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -4 D -3 0 1 -1 -2 -1 1 6 2 0 -1 -2 -1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 E -4 0 0 -1 -1 -2 0 2 5 2 0 0 1 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 Q -3 0 0 -1 -1 -2 0 0 2 5 0 1 1 0 -3 -2 -2 -3 -1 -2 H -3 -1 0 -2 -2 -2 1 1 0 0 8 0 -1 -2 -3 -3 -2 -1 2 -2 R -3 -1 -1 -2 -1 -2 0 -2 0 1 0 5 2 -1 -3 -2 -3 -3 -2 -3 K -3 0 0 -1 -1 -2 0 -1 1 1 -1 2 5 -1 -3 -2 -3 -3 -2 -3 M -1 -1 -1 -2 -1 -3 -2 -3 -2 0 -2 -1 -1 5 1 2 -2 0 -1 -1 I -1 -2 -2 -3 -1 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 1 4 2 1 0 -1 -3 L -1 -2 -2 -3 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -2 2 2 4 3 0 -1 -2 V -1 -2 -2 -2 0 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 1 3 1 4 -1 -1 -3 F -2 -2 -2 -4 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -3 0 0 0 -1 6 3 1 Y -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -3 -2 -1 2 -2 -2 -1 -1 -1 -1 3 7 2 W -2 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -4 -3 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -2 -3 1 2 11 3. BLAST 结果中 Expect (E) value 是甚麽意思 (3分)？请写两个你可改变且影响 E value 的参数 (2分)？ 4. 进行 BLAST 时甚麽时候选择用 blastn (Query: DNA; database: DNA) 或 blastx (Query: DNA; database: protein) (2分)？此外，Database 选择 Refseq 有何好处 (3分)？ 5. 利用 ClustalW 进行多重序列比对 (Multiple sequence alignment) 时，请根据以下 Guide tree 说明 Progress alignment 会如何进行？ ┌────┬ A │ └ B │ ┌─ C │ ┌─┴─ D └─┴─── E 6. ClustalW 和 MUSCLE 在进行 MSA 时有何异同（各举一点异同处）？ 7. 利用 DNA 基因序列进行 MSA 时选用 codon alignment 有甚麽好处？ 8. 如果要将两群差异较大之 DNA 序列进行 MSA，请提供两种方式增加比对结果的可信度？ -- 第01话 似乎在课堂上听过的样子 第02话 那真是太令人绝望了 第03话 已经没什麽好期望了 第04话 被当、21都是存在的 第05话 怎麽可能会all pass 第06话 这考卷绝对有问题啊 第07话 你能面对真正的分数吗 第08话 我，真是个笨蛋 第09话 这样成绩，教授绝不会让我过的 第10话 再也不依靠考古题 第11话 最後留下的补考 第12话 我最爱的学分 --

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