交通大学、清华大学 统计学研究所 专题演讲 题　目：Affymetrix微阵列晶片配对实验设计之基因表现与存活分析 主讲人：林建甫教授(台北大学统计系) 时　间：100年1月7日(星期五)上午10:40-11:30 (上午10:20-10:40茶会於交大统计所429室举行) 地　点：交大综合一馆427室 Abstract 在癌症研究上经常使用微阵列基因晶片，寻找预测存活的显着基因，作为生物指标基因。 微阵列基因晶片常见的主要类型有点状式互补核甘酸 (spotted cDNA) 微阵列晶片与寡核 甘酸 (oligonucleotide) 微阵列晶片等，後者以Affymetrix生技公司为代表。点状式 cDNA 晶片之实验设计大多利用配对控制或参照样本，目前已有许多研究讨论关於利用点 状式cDNA 晶片进行研究之实验设计，且在寻找癌症生物指标的研究设计，经常使用配对 控制或参照样本。然而，对於利用寡核甘酸晶片之实验设计则较少利用配对样本设计，其 中一个原因是 Affymetrix 微阵列晶片利用PM-MM (perfect-match, mis-match) 探针组 设计，提高特异性与敏感度。有一些生物资讯研究人员将配对样本实验设计应用在 Affymetrix 微阵列晶片，但是对於利用Affymetrix微阵列晶片之配对实验设计在分析癌 症存活之统计探讨，则较少为人讨论。本研究使用一个配对实验设计Affymetrix微阵列晶 片之资料，收集 26 位肺癌病患， 26 组配对肿瘤组织与正常组织，共 52 片晶片，医学 研究目的是找寻显着基因表现的基因，能够预测肺癌存活。但是使用配对实验设计，在 52 片晶片只能包含 26 位独立生物重复性样本数。本研究分析配对样本与独立样本的相 关系数，并使用Cox回归模型分析癌症存活，探讨配对样本与独立样本在存活分析中，具 显着基因表现基因数量是否有差异，并且使用拔靴法探讨此差异资变异性。研究结果显示 ，Affymetrix 微阵列晶片配对实验设计，个体内基因之相关系数变异性大，且并未能有 效地降低个体间基因之间的相关性。Affymetrix 微阵列晶片配对实验设计，在分析肺癌 存活上，两种设计显着基因表现的基因之数量都非常稀少，两种设计皆有显着表现基因数 量变异性。Affymetrix微阵列晶片是否适合使用配对实验设计，仍需更多的实证资料进行 分析研究。 敬 请 公 布 欢 迎 参 加 --

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