网址: https://edu.nchc.org.tw/course/one_course_introduction.asp?lms_auto_course_id=2005&from_course_list_url=homepage 课程编号： NE-2012-CB01 课程名称： Amber MD 软体训练课程 课程领域： 生物 相关领域： 无 上课方式： 上课地点： 台中/新竹/台南 上课时间： 2012/8/6 (一) ～ 2012/8/7 (二) 09:30 ～ 16:30 上课总天数： 2 天，共计 12 个小时 招生日期截止(含)： 2012/08/02 (四) 17:00 最後缴费截止(含)： 2012/08/03 (五) 05:00 最後回报缴费截止(含)： 2012/08/05 (日) 17:00 提供午餐： 是 招生人数： 6 ～ 20 人 讲师： 国家高速网路与计算中心 王焰增 先生 慈济大学 - 医学资讯所 詹镇熊 博士 报名费用： 一般人士 1200 元 学生 800 元 课程介绍： Amber是着名的分子动力学软体，用於蛋白质、核酸、糖蛋白、药物设计等着名生物计算模拟软体， AMBER软体亦可结合现今相当着名量子力学软体GAMESS/ TERACHEM/ GAUSSIAN09/ NWCHEM/ORCA 进行量子力学/分子动力学(QMMM) 结合运算，此等方法可以更精确预测药物分子或生物分子之间结合型态(binding modes)。 本训练课程主要目的为： (1) 训练学员基础分子动力学/量子力学理论。 (2) 训练学员AMBER基础使用方法。 (3) 训练学员AMBER计算药物分子或蛋白质分子结合自由能计算方法。 (4) 训练学员AMBER 结合量子力学计算方法。 课程内容安排： (1) 分子动力学/量子力学理论介绍： (1.1) 分子动力学力场 (1.2) 动力学积分法 (1.3) 周期性边界条件 (1.4) 其他(SHAKE/PME等) (1.5) 量子力学简介 (2) AMBER动力学软体使用方法: (2.1) NCHC 大型主机上使用AMBER方法介绍 (2.2) 核酸分子建立与模拟 (2.3) 蛋白质分子建立与模拟 (2.4) 药物与蛋白质分子建立与模拟 (2.5) 药物分子/蛋白质分子 结合自由能分析与模拟 (2.6) 模拟结果分析与讨论 (3) Amber分子动力学/量子力学模拟方法 (3.1) Amber/Gaussian (3.2) Amber/Gamess (3.3) 药物/蛋白质模拟 (3.4) 蛋白质/蛋白质模拟 (3.5) 模拟结果分析与讨论 --

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