MATLAB 板


LINE

自己回一下 pdbread(), pdbwrite() 都有 bug ----- pdbread() 的 bug 是在读 CONECT 的部份 正常来说, CONECT2816326398264212670126707 应该要读成 [28163] 和 [26398 26421 26701 26707] 但是 pdbread() 会读成 [28163] 和 [26398264212670126707] 到至後面的数字超过32位元的整数上限,变成 2147483647 ----- 解法: 在 pdbread.m,Line 1108 的地方,将 OutList = sscanf(str,'%d')'; 改成 OutList = sscanf(InString,'%5d')'; ----- pdbwrite() 的 bug 是在写入 SEQRES 的地方 MATLAB 预设,一条氨基酸序列不会超过100行(共1287个氨基酸) 所以只预留两位数给行数的编号,e.g. SEQRES 71 A 1733 SER LEU LEU GLU SER GLY SER GLU ILE LEU GLY ASP LEU SEQRES 72 A 1733 LYS LEU GLN VAL LEU LEU ASP GLU GLU TYR LYS GLN LEU SEQRES 73 A 1733 VAL LYS ASP ARG LYS PHE LEU ARG GLU VAL PHE VAL ASP 但是其实大型蛋白质分子常常会有几条超过100行, 导致 MATLAB 在 parsing 的时候变得乱七八糟 呼叫 reshape() 就 GG ----- 解法: 在 pdbwrite.m 的 Line 346 将 sprintf('SEQRES %2d ',1:no_of_lines) 改成 sprintf('SEQRES %3d ',1:no_of_lines) %请注意要少一个空格 还有在 Line 354 将 'SEQRES %2d %c %4d ' 也一样改成 'SEQRES %3d %c %4d ' ----- 其实 molviewer.m 跟 pdbwrite.m 有一样的 bug 但是你只要先将 pdbstruct 用刚刚改好的 pdbwrite() 存成档案 然後 molviewer() 直接读档案而不是读 pdbstruct 就没有问题了,不需要改 --



※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 140.109.74.235
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/MATLAB/M.1484555175.A.F69.html
1F:推 imafsb: 感谢,给我一个方向 02/22 10:06







like.gif 您可能会有兴趣的文章
icon.png[问题/行为] 猫晚上进房间会不会有憋尿问题
icon.pngRe: [闲聊] 选了错误的女孩成为魔法少女 XDDDDDDDDDD
icon.png[正妹] 瑞典 一张
icon.png[心得] EMS高领长版毛衣.墨小楼MC1002
icon.png[分享] 丹龙隔热纸GE55+33+22
icon.png[问题] 清洗洗衣机
icon.png[寻物] 窗台下的空间
icon.png[闲聊] 双极の女神1 木魔爵
icon.png[售车] 新竹 1997 march 1297cc 白色 四门
icon.png[讨论] 能从照片感受到摄影者心情吗
icon.png[狂贺] 贺贺贺贺 贺!岛村卯月!总选举NO.1
icon.png[难过] 羡慕白皮肤的女生
icon.png阅读文章
icon.png[黑特]
icon.png[问题] SBK S1安装於安全帽位置
icon.png[分享] 旧woo100绝版开箱!!
icon.pngRe: [无言] 关於小包卫生纸
icon.png[开箱] E5-2683V3 RX480Strix 快睿C1 简单测试
icon.png[心得] 苍の海贼龙 地狱 执行者16PT
icon.png[售车] 1999年Virage iO 1.8EXi
icon.png[心得] 挑战33 LV10 狮子座pt solo
icon.png[闲聊] 手把手教你不被桶之新手主购教学
icon.png[分享] Civic Type R 量产版官方照无预警流出
icon.png[售车] Golf 4 2.0 银色 自排
icon.png[出售] Graco提篮汽座(有底座)2000元诚可议
icon.png[问题] 请问补牙材质掉了还能再补吗?(台中半年内
icon.png[问题] 44th 单曲 生写竟然都给重复的啊啊!
icon.png[心得] 华南红卡/icash 核卡
icon.png[问题] 拔牙矫正这样正常吗
icon.png[赠送] 老莫高业 初业 102年版
icon.png[情报] 三大行动支付 本季掀战火
icon.png[宝宝] 博客来Amos水蜡笔5/1特价五折
icon.pngRe: [心得] 新鲜人一些面试分享
icon.png[心得] 苍の海贼龙 地狱 麒麟25PT
icon.pngRe: [闲聊] (君の名は。雷慎入) 君名二创漫画翻译
icon.pngRe: [闲聊] OGN中场影片:失踪人口局 (英文字幕)
icon.png[问题] 台湾大哥大4G讯号差
icon.png[出售] [全国]全新千寻侘草LED灯, 水草

请输入看板名称,例如:BabyMother站内搜寻

TOP