作者sexyrickysky (花心只是掩饰内心的空虚)
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标题Re: [问题] 怎麽从二阶鞍点到邻近的谷底?
时间Mon Nov 14 18:36:41 2016
※ 引述《peter308 (pete)》之铭言:
: 我有一个结构 用频率分析计算後 找到两个负频(imaginary freuqency)
: 这对应一个二阶鞍点
: 我要怎麽从这个二阶鞍点到附近的过度态(TS)
: 然後在从过度态再到邻近的谷底呢??
: 如果是一般的过度态
: 可以用所谓的 IRC (intrinsic reaction coordinate) 去找到邻近的谷底
: 但是二阶鞍点好像处理上有点不太一样
: 需要比较花功夫
: 有人能分享一下怎麽解决这个问题吗??
: 感谢
如果你是进行OPT计算,可是最後算出来的结构却有虚频的话,
这种时候就要透过一些手段消除虚。
有一个方法,我称为kick-knock method,
步骤有点繁琐,不过非常好用。
这个方法的基本概念就是,一个在山顶上的石头,
如果没有人去动他,它就会好好的待在山顶。
可是如果轻轻地踢它一脚,就会很快的滚动到山谷了。
换言之,现在一个分子被计算出具有虚频,
表示分子正在处於某个位能面维度的最高点,且受力为零。
我们只要沿某一个特定的方向,稍微改变一下分子的键长键角,
让分子重新受力,再进行结构优化,
分子就会沿着那个受力方向,到达位能面的低点。
通常做完频率计算,
软体都会在对应的频率下方,给出每个原子xyz三个方向的振动位移大小。
这些振动位移,即是原子的受力方向。
因此,你只要先找到具有最大虚频的那个频率,
把虚频下方给出的原子振动位移量复制起来,
将这些位移量,乘以一个倍数例如-0.3 ~ +0.3,
相加到你最後得到的OPT结构座标上。
将这个新的座标,重新OPT一次。
虚频应该就会消失了。
如果是没办法完全消除,
可以进一步配合quasi-二阶微分的演算法(e.g. BFGS),
调整step size来做OPT。
若还是不行,可以先建构出分子的Hessian matrix,
然後,反覆叠代,直到解出Hessian matrix的eigenvalues皆为正值
这个方法保证找到的结构一定是最佳化结构,
不过非常花时间,除非真的没招了,
不然我不建议直接使用这个方法。
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1F:推 peter308: 感谢! 我会试看看. 祝顺心 11/14 22:32
2F:推 fauna: 有可能的原因是numerical problem 可以提高积分精确度试试 11/15 03:40