如果以关联式资料库的观点来看 column之间的关系是FD(functional dependence)的关系 用一种粗糙的白话文来解释 也就是个体属性间的关系 而row之间对应的是个体之间的关系 因此你存的如果是一笔一笔的资料 是应该以row方式来存的 当然 你也可以把gene的feature视为是gene的属性 但在ER model的观点来看 到最後转成关联式资料库上面的column 他的属性一定会表示成feature1, feature2, .... featureN这种方式 属性一定为N个个数 也就是说 如果你的属性不定个数 在ER上面会将feature独立出来变成一个个体(或是多值属性) 而feature与gene个体之间有一对多的关系(多值属性处理方式跟个体一样) 这种情况feature就会被独立出来成一个表格了 而不是被放在column上面 另外一方面 有关於生物资讯的data 一般来说 处理生物资讯的data 可以分成两种方式 flat-file based & DBMS based 在MySQL部分 emsemble有提供出schema & data 可以参考看看他们定出来的schema 他们的data也很完整 说不定连你自己的data都不用抓了 (不过你的资料可能是跟cancer有关的 这部份他们就比较缺乏) 如果用flat file的话 例如以ncbi提供出来gene的资料 可以利用bioperl去存取这些资料 里面提供非常多的API 举凡抓feature这些功能都有 bioperl相关的程式还包含了biojava..等等 ※ 引述《micklin (mick)》之铭言： : 最近在处理基因序列, 资料的储存一直让我很头痛, : 在传统资料处理时, 我都把column对应到feature, 把row当成一笔资料. : 但是现在的问题是MySQL不能处理2000个column (colon dataset), : 更别说另一个五万多个基因的dataset了. : 转成文字模式再用UltraEdit处理, 在4096个字元後就强迫断行了 = = : 虽然可以自己用程式接起来就是了.... : 所以我的问题是, : 在处理行与列的时候有没有什麽不同呢? : 为什麽我们平常处理文字档或资料库的时候, : 会偏好row很多而不是column很多? : 是档案结构的问题还是什麽地方的限制呢? : 谢谢回答. -- http://www.im.tv/vlog/personal.asp?FID=&Memid=254442 --

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