作者boblu (六百)
看板Biology
标题Re: [问题] 关於分生的一些很基础问题
时间Thu Nov 24 02:29:08 2016
建议妥善断行 以免造成回文困扰
※ 引述《shen199403 (shen)》之铭言:
: 有些很基本的问题想要询问,
: 因为今天来不及问人,
: 希望高手可以帮忙解答厘清观念><
: (1)primer是用来让DNA进行复制的?不知道这观念有没有错....
: 它是一小段DNA的序列,那不是得要先知道欲复制的DNA的序列
: 才能知道primer要用甚麽吗?
基本上 对 有些状况下会用 random primer
: 例如想要找出微生物是否具有固氮基因,就要用可以辨识出nif H的primer去进行分析,
: 那为什麽学长姐都说要用甚麽1F,9R,27F...等等的去跑PCR@@
这跟你上面的问题不冲突啊
你知道这些 XXF XXR 是甚麽吗?
你怎麽确定他不是针对固氮基因的序列设计的 primer 的代号?
不过其实我猜真的不是
这些 primer 指的应该是 16s rRNA 基因 (16s rDNA) 的通用 primer
这是跨许多原核生物物种间高度保守的序列 但因为又含有高变异区
所以 16s rDNA 适合作为菌种监定之用
: (2)为什麽都说是跑16s r DNA定序?
... 因为真的是在给 16s rDNA 定序?(废话)
如果你想问的是 16s rDNA 定序的目的为何 就真的要问你们实验室的人
不过一般来说 16s rDNA 定序是用来做菌种监定
所以如果你问的问题的意思是是说
为什麽实验室要判断某细菌是否有固氮基因的方法是做 16s rDNA 定序
其实我不知道 我不是搞微生物的
但推测实际上做的可能是根据 16s rDNA 序列监定其是否为已知有固氮基因的菌种
: 以及不是在跑PCR的时候已经加入primer了吗?
: 那为什麽在定序时还要再用primer?(就是在填单时候厂商要求输入的欲使用引子)
定序时是拿一点你的 PCR 产物去当 template
里面不会有适量足量的 primer
而且假设你因为某种神秘不可解的原因在一开始的 PCR 中加入了极超量的 primer pair
而且 PCR 还因为某种神秘不可解的原因做得出来
你要拿这种 PCR 产物去不再加 primer 定序也还是定不出来
因为你现在里面有两种 primer, 但定序只要一端
好啦理论上你或许可以在 PCR 的时候加入单边超量的 primer
然後奇蹟似的 PCR 做得出来
然後直接拿 PCR 产物不再加 primer 去定序试试看
...证明这样真的定得出来 说不定可以得个搞笑诺贝尔
...不过钱请从自己口袋出。计画经费都是民脂民膏请爱惜使用
: 不知道表达有没有清楚麻烦解惑了谢谢><
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 198.137.20.209
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※ 编辑: boblu (198.137.20.209), 11/24/2016 03:02:05
1F:推 shen199403: 抱歉下次会改进排版! 11/24 08:49
2F:→ shen199403: 非常谢谢你的解答!!!! 11/24 08:50