※ 引述《coolboychiu ()》之铭言： : 【问题】： : 我们知道有些重组酶像phiC31可以产生不可逆的DNA翻转，图示如下 : attP >^^^^^^^^> attB (>^^^^^^^^> 表示一段被attP和attB夹住的DNA序列) : | : | : V : attR <vvvvvvvv< attL (v 代表 ^ 反转後的样子) : 如果现在DNA上有多组相同的attP-attB pairs，如下图 : attP_1 >^^^^seq 1^^^^> attB_1 ~~~~~~~~ attP_2 >^^^^seq 2^^^^> attB_2 : (~~~~~~~~代表中间不重要的DNA序列 可长可短) : 我在想这样的结构应该attP_1和attB_2夹住的整个DNA序列也有机会整个被翻转 : 我想请问各位的是： : seq 1和seq 2个别被翻转的机会会远比整个序列一起被翻转大得多吗？ : 【问题起因】： : 研究上碰到的 : 但我本身其实是念电子 老板有兴趣 我就被叫来做相关研究了 : 我已经查了一整天资料 但毫无所获 到现在都还没睡觉QQQQ : 所以才想上来请问大家 : 如果有参考资料 方便的话 麻烦各位在提供给小弟了 : 没有也没关系 : 先谢谢大家了 我想你们应该是要做这个 http://2013.igem.org/Team:INSA_Toulouse/contenu/project/biological_construction/logic_gates 1. 请问会产生不可逆翻转的recombinase (Ser-recombinase)的种类多吗？ : 我查到的大部分都是PhiC31或Bxb1？请问还有很多种这样的重组酶吗？ 是得有很多种重组 第一是有很多种酵素 第二是同意种酵素可以 对於多种序列进行重组 https://en.wikipedia.org/wiki/Site-specific_recombinase_technology 这里有整理 举个例子Cre-Lox recombination 这个系统中Cre recombinase 是酵素 其标的序列是Lox P (locus of X-over P1) 原本指的是 bacteriophage P1 中的一段34硷基对的序列 原始的序列是这样 13bp 8bp 13bp ATAACTTCGTATA - NNNTANNN -TATACGAAGTTAT 其中可以看到NNN 是可以替换的意思 已经有很多研究 显示不同的NNN组合 有些可以 被独立辨认 有些会同时被辨认 请看wiki Example Alternate LoxP Sites 典型的loxP site ATAACTTCGTATA-GCATACAT-TATACGAAGTTAT 在实验上 如果一个质体上 还有另一种lox site Lox 2272 ATAACTTCGTATA AaGTATcC TATACGAAGTTAT 则这两种序列之间无法重组 虽然使用同样的酵素Cre 但是 只有loxP site 和 loxP site 或者 Lox 2272 和 Lox 2272 之间可以重组 还言之Cre 两个 13bp 回纹序列 中间的8 bp 决定了重组的专一性 (但是还是要提醒 并非8bp要完全一样才可重组 左右13bp 也是有影响) http://bmcbiotechnol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1472-6750-10-29 可以用这种原理制造出锁定的效果 也就是一旦重组之後 几乎不翻转回去 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC137435/figure/gnf089f1/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC275577/figure/gng140f1/ --------------------------------------------- 回到主题 想要做成logic gate 在表现 phiC31 integrase 的时候 希望序列上有多组反转的序列则 可以参考这篇文章 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3216622/ 但是可以翻转 ---->>>>----- 成为 -------<<<<------ 这之後-----<<<<----- 也有可能翻转回去---->>>>----- 对於资讯的储存来说 增加了不确定性 要更进一步的设计例如酵素表现时间的控制 2. 请问您提到的loop-out是甚麽意思呢？ http://2012.igem.org/File:Syn_MR_Inversion_Deletion.png 注意图上大多会用箭头表示序列的方向性 箭头的形状大多表示不同类型的重组系统 箭头的颜色大多代表同样重组系统中不同序列的种类 箭头的方向则决定这之间的序列是要被剃除 还是要反转 所以说一定要注意方向 Loop out 就式途中所画的中间变成一圈 配对和重组之後 被踢出去 http://blog.addgene.org/plasmids-101-cre-lox 因为方向 还有 两个目标序列是在同一段DNA或者不同的DNA 通常有三种结果 Inversion Deletion Translocation --

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