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标 题Re: [问题] Proofreading and Repairing DNA
发信站交大生科劲公园 (Sun Jul 16 12:10:06 2006)
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※ 引述《[email protected] (休息..走更长远的路)》之铭言:
: 1.mismatch repair
: 2.nucleotide excision repair
: 请问这两种修补作用是什麽呢?
一般的分子生物课本
跟网路都可以找到
http://asajj.roswellpark.org/huberman/DNA_Repair/ner.html
DNA修复系统主要有下列几种:
Base-excision repair
Mismatch repair
Nucleotide-excision repair
Double strand DNA break repair
Error-prone repair(SOS response)
错配修复 (Mismatch Repair)
Mismatch repair修正在DNA复制时产生的错误,
举例来说,可能是一个C误与A配对,或者是polymerase跳过或重复一些base,
造成1~5个unpaired bases。参与的主要酵素有:MutH、MutL、MutS
MutH:会去辨识GATC sequence并接在此处。
MutL:连接MutH和MutS的蛋白,形成一complex。
MutS:辨识突变的nucleotides并与其相接。
SSB:会保护ss DNA(single strand DNA)。
藉由MutH-MutS complex,DNA会被拉近形成了DNA loop,
MutH带有一个site-specific endonuclease,直到碰到hemimethylated GATC sequence
才会被活化。GATC endonuclease将unmethylated strand上的GATC中G的5'上切下一刀
(nick),表示说这一个strand是要被repair的。
用DNA helicase II由3'到5'把DNA打开(unwind),然後exonuclease I
将出错的这一股DNA从GATC的地方吃掉nucleotides一直吃到突变的部位。
(注:如果突变的部分位於两个GATC中间,上述nick和吃掉nucleotide的动作
也可以从有GATC的两端进行。)最後再用DNA polymerase III和DNA
ligase把空缺补起来。(注: 有时错误配对的地方离GATC segment 相当远,
甚至到1000个nucleotide以上,要耗费相当多的能量来完成1个
nucleotide mismatch的repair。MutH会认识新旧股DNA,
在新股GATC中G的5'上做Nick,这个步骤很重要,
因为新旧股不能认错是做repair的先决条件。
移除nucleotide的exonuclease activity是
在polymerase III上3'到5'exonuclease activity。)
核切除修复(Nucleotide-excision repair「以E.coli为例」)
先用ABC excinuclease在DNA lesion(即发生错误的部分)的左右各切下数个
nucleotides(切下的数目因物种和损坏的base数目而异,
在E. coli共切掉12~13个nucleotides)再经过DNA helicase後,
含有damaged base(s)的DNA离去。
DNA polymerase I把缺少的nucleotides补上。
DNA ligase把nick补上。
跟Base excision-repair不同的是nucleotide excision-repair是
拿走一段oligonucleotide而非单一个BaseꄊAABC excinuclease可以切下错误部分的两边,然後整段拿走,
因为DNA polymer只涉及十几个nucleotide的合成,
所以只要用DNA polymerase I而不需要用到DNA polymerase III,
最後当然要用DNA ligase把gate封起来。
(取自
http://life.nctu.edu.tw/~mb/c30302.htm)
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※Post by snark from nat-11.tpc.edu.tw