作者kjgkhkk (阿毛)
看板Biology
标题Re: 怎样判定genomic DNA是否complete digest
时间Sun Mar 19 18:43:39 2006
※ 引述《[email protected] (功夫)》之铭言：
: ==> Ramsey (柿子) 提到:
: > 我试过用EcoRI HindIII 或AatII
: > 来切genomic DNA
: > 切完跑电泳发现虽然有smear
: Smear 是因为genomic DNA容易被shear force扯断
: restrictin enzyme digestion 应该是multiple bands
no.....genomic DNA用RE切完之後一定是smear.....不可能事multiple bands.....
因为整个genome里面repeat sequence占了大多数......基因占了少数....
所以切出来一定是很杂的smear.....没切之前跑出卡在上面的single band....
那是因为分子量太大....根本跑不太动....要去预测有没有切完全....
你可以从定义来看....理论上....1U的定义是.....一个小时可以完全切除.....1 ug的
lamda genomic DNA上面的RE site....去查一下他的分子量我记得跟pUC18差不多.....
所以你看你的genome size大约是这个lamda DNA的几倍...之後龟毛一点.....
你就去算机率....通常不这样做....我的经验来说.....你1ug的genomic DNA.....
取个5~10U不急的话....处理个三个小时....非常赶的话...一小时到两小时就可以...
有些genome本身就比较缺乏某些RE的切位....又可能是因为某些酵素是....
methylation senstive....所以卡在上面还满正常的....用MseI SauIIIAI DraI应该
可以满下来的.....
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