Homology 的概念可以分为 Orthology 以及 Paralogy 如下图： ┌─────┐ ┌┤Orthology │ ┌────┐ │└─────┘ │Homology├──┤ └────┘ │┌─────┐ └┤Paralogy │ └─────┘ 一般在讲 homology 的时候，若是没有特别指涉其明确定义， 那就自己斟酌情况做解释，若要精确来说，其实 homology 要再细分， 讲起来才精确。 定义如下： Orthology two homologous loci derived from a speciation event 意指此两同源基因座 (也就是基因所在的位置)，其同源是来自於 种化事件的发生，也就是说，本来有 geneA 是 geneA1 与 geneA2 的共同祖先，後来分别种化成 1 与 2，那我们说 1 与 2 此两者为 homologous gene，精确来讲其实叫做 orthologous gene。 Paralogy two homologous loci derived from a duplication event 这与 orthology 不同在於，其同源的来源是由於基因本身在基因体内的复制， 例如 transposon。原本有 geneB 後来跳到另一个地方 (locus)，这样就有两个 geneB 了，虽然在同一染色体上或是个体上，但後来两个基因各自演化， 我们称两者同源为 paralogous gene。 基本上 homology 是混合了以上两者的概念，泛指由於以上两种原因而产生 基因的同源与相似性。 ps. 其实如果仔细探讨，光是这样的概念还是不够的，於是乎有人将 paralog 加上 speciation event 的时间点前後分析，衍伸出 inparalog 跟 outparalog 等概念，详细可参考下篇： Sonnhammer, E. L., and Koonin, E. V. (2002) Orthology, paralogy and proposed classification for paralog subtypes. Trends Genet 18, 619-20. ※ 引述《[email protected] (还是学校好..)》之铭言： > 最近我在这个字与isoform之间的界线也有疑问(在GENE SEQENCE上) > 可以请清楚的大大一起回答吗..THX isoform 不是一个很精确定义的字，只是表示形容的东西存在了不只有一种型态， 但本质上又是一样的东西。而且不会用在 gene level 来形容 gene。 通常出现在 protein level，以表示多个基因，或是同源基因，所表现出 不同蛋白质的型态。举例来说，一个蛋白质可能由多个 subunit 构成，每个 subunit 皆是由一条独立的 peptide 摺叠而成。简化来说 (在真核)，一条 peptide 若是由 一个 gene 所表现出来，那组成该蛋白如果有 2 个不同的 subunit 则有 2 个或 2 个 以上的基因负责。可能是 geneA 与 geneB 配或是 AC、AD、BD等等，排列组合， 这些基因可能是 homology，所以表现出来的蛋白质结构类似，可以互相组合， 组合出来的功能又差不多，只是可能表现的地方不同，或是作用的地方改变等等。 这些差不多，相似性很大，功能相同，组成却不一样的蛋白质，我们叫他 isoform。 > ※ 引述《[email protected] (大天使长路西法)》之铭言： > : 小弟我对这个字的定义有点不明，其定义究竟是纯粹描述 > : 不同生物在解剖结构或基因序列的相似或相同？ > : 还是其定义是在讲生物的共同祖先？ > : 烦请诸位赐教，谢谢～ 有错请指正，欢迎讨论。 -- 夫兵者不祥之器物或恶之故有道者不处君子居则贵左用兵则贵右兵者不祥之器非君子 之器不得已而用之恬淡为上胜而不美而美之者是乐杀人夫乐杀人者则不可得志於天下 矣吉事尚左凶事尚右偏将军居左上将军居右言以丧礼处之杀人之众以哀悲泣之战胜以 丧礼处之道常无名朴虽小天下莫能臣侯王若能守之万物将自宾天地相合以降甘露民莫 之令而自均始制有名名亦既有夫亦将知止知止可以不殆譬道之在 140.127.160.142海