作者ljii (是否)
看板Bioindustry
标题Re: [问题] 电脑模拟蛋白质制药的需求?
时间Sat Nov 23 05:02:05 2013
※ 引述《piimaila (肥仔)》之铭言：
: 恩, 这样 用电脑预测和用HTS的预测差在哪里呢?
我前一篇文章其实有解释,但也许不够清楚
以下建立在前文所提到的原理中,
电脑模拟的是纯化後的蛋白结构的资料,
HTS测试的是well里面的细胞, 无论是细胞均质或是活体细胞,
端看assay如何建立
两者相比, HTS测试的条件更接近活体内状况
也就是电脑模拟出100个hit, 跟HTS模拟出100个hit,
两者都会有大量的伪阳性, 但电脑模拟因为离活体更远,
所以伪阳性"应该"更高, 也就是那100个hit最後验证为真的机会"应该"更低
事情当然都有例外,
也许电脑筛了100个hit中只有一个为真但那个就刚好是下一个glivec
而HTS筛了100个hit中有10个为真但都通不过toxicity
这也不无可能
但在还没开始作实验前, 大多数人会选择胜率较高的那种方法(前提是不要太贵)
一个巨大的HTS的确很贵,这也是电脑模拟可以切入的点
但如果同样是受限於资金,
多数PI可能会选择作小规模的screening,
也就是screen一百万个药里的一个subset
也许是同类型的小分子1000个,
也许是同机制(如kinase inhibitor)1000个之类的
"感觉上"胜率还是比电脑模拟高. 因为assay是活体细胞
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 137.131.236.158
1F：推 puec2:1000个里面可能可以找到4,5的micromolar级的compound XD 11/23 10:35
2F：→ puec2:*4,5个 11/23 10:35
3F：→ puec2:电脑ㄍㄧㄥˋ诶1000个里面可能找不到一个现实中能用的 11/23 10:36
4F：→ ljii:没错, 这就是重点. micromolar也无妨, 之後可以optimize SAR 11/23 11:19
5F：→ ljii:但最怕的是结果是什麽都没有. 电脑模拟出来结果assay没差异 11/23 11:20
6F：→ puec2:电脑可能要从100000个里面才可以挑到几个比较能用的 11/23 18:06
7F：→ puec2:这就是原原po所设想的切入点吧 11/23 18:06
8F：→ puec2:但是这些所谓可用的 是针对一般学校的实验室发paper用.. 11/23 18:07
9F：推 lingon:跑这种电脑程式只需要一小群人, 就就业市场而言需求不大 11/24 02:42
10F：→ piimaila:恩, 我倒不觉得电脑分析如此不济, 况且, 电脑分析并非 11/24 22:54
11F：→ piimaila:乱枪打鸟, 如果你真的拿来制药的话, 是有专门的做法的 11/24 22:54
12F：→ piimaila:但是, 由於我对HTS理解不深, 对电脑分析也仅只於程式 11/24 22:55
13F：→ piimaila:所以, 我目前可能对此事谈投资言之过早, 需再研究 11/24 22:56
14F：→ piimaila:毕竟隔行如隔山orz, 感谢大家解惑 11/24 23:00
15F：→ ljii:加油, 你的执着的精神还蛮让人钦佩的, 其实你们技术只要好 11/25 00:28
16F：→ ljii:的话一定找的到适合的niche.只是就目前看来不在HTS上就是了 11/25 00:29