作者piimaila (肥仔)
看板Bioindustry
标题Re: [问题] 电脑模拟蛋白质制药的需求?
时间Fri Nov 22 09:16:36 2013
※ 引述《piimaila (肥仔)》之铭言:
关於上次请教各位前辈, 我去问了一下相关问题
当然, 我非本科, 是依照我很粗糙的理解...orz
我听得懂得附在文章最後面, 听不懂得等我查个资料拿来请教
首先延伸出一些问题.
1. 传统高通量筛选机器, 能准确找出复方吗?
2. 制病点是由传统高通量筛选机器找的? 还是厂商丢进去前就要知道?
3. 如果找出100种药物, 请问厂商如何试验? 是否能塞满制病点.
-------------------上次的讨论, 我去问了一下的答案---------------------------
1.制病点是厂商得找的, 换言之, 到时候可能得指定说结合哪里,
当然, 要他们找也行, 需额外费用, 说白点是外包...有实验室会做.
2.此方式主要优势在於, 可以找复方, 传统HT似乎无法达到相同功能.
当然, 他并非说传统ht作不到, 只是她们作不到,
事实上单方也是主打, 因为许多病症并非目前无药可治, 只是需要复方.
当然, 复方选定是厂商选定.
举例说明一下
假设
蛋白质 A, 可能可以结合点为 a[0]~a[10000],有制病点 a[1], a[2], a[3]
化合物 b[0], b[1], b[2], b[3]..b[10000]
一般的ht 是可能可以看出
A, b[0]
A, b[1]
.....
A, b[n]
可以结合,
问题是, 你得塞a[0], a[1], a[2], a[3]. 才有效果.
而如何找出可以塞满 a[0], a[1], a[2], a[3]的化合物呢? 能量又是多少.
此时就必须使用电脑筛选.
我们可能得到结果是
药物 b[1],b[2], b[3] 可以结合 a[1], a[2], a[3].
故, 此复方药物, 可以找出单方无法治癒的病症, 或是对传统病症
可以达到药物减量, 或是增强药效的功能.
3.关於配体, 受体 目前皆取自受认证的资料库, 除非有数量上的问题,
结构, 引力, 都可算精准.
4.binding 环境部分, 我是有听没有懂, 不过大概说法是人体内温度和环境,
取得的配体受体模型, 所以基本上结合本来就是依人体内环境考虑
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: 稍微整理一下目前讨论结果
: 如果想要厂商接受
: 电脑实现高通量筛选要可行必须有
: 1. 配体(化合物, 药物)够多, 也就是目标应该定在 缩小传统HT的范围.
: 2. 由於目标是1 所以速度必须远高於厂商能够取得的HT机器之速度.
: 3. 由於是缩小传统HT的范围故价格要低於缩小HT范围所得到的价格效益
: 但是, 如果另一方向想,
: 如果 能找到一个各方人才的团队(主要是生技, 资讯人员)
: 开发出目前市面上疑难杂症的药物, 该症目前可能宣称为不治之症或慢性病
: 当然, 不可能是治癒, 但是理论上可以控制.
: 举例说明: 红斑性狼疮, 第二型糖尿病, 痰湿型肥胖症
: 该药物群"仅"通过电脑筛选. 这样, 这些资料是否有市场呢?
: ※ 引述《s122s91 (lo)》之铭言:
: : 如果你用现在上市的药,
: : 用电脑模拟去算,分数一定不是最高的
: : 如果把电脑设定成"上市药物"为最高分的参数,拿来跑,设计出来的药物,活性通常不高
: : 我想这就是困境。
: : 不知道到现在为止,有没有药物是真的由模拟出来的。
: : 电脑模拟就是模拟,不一定准。
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◆ From: 220.134.23.142
※ 编辑: piimaila 来自: 220.134.23.142 (11/22 09:17)
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