回想两三年前，我曾经接到一家台湾公司的电话 他说，听说你们在进行XX新药开发的计画 那我们是一家开发in silico的计算方法的公司 想要卖给你们hit compounds的结构 我就很好奇了 跟他聊了一下发现 原来是某学校的老师，自己发展了docking的演算法 发了几篇paper，大概hit rate还不错，就开了家公司 想要来卖可能的hit 结构 我只问他 请问你对於你卖得结构多有信心？ 今天你卖我1000个结构说有活性，收费100W， 那请问，我如何知道这1000个结构是不是你乱画得？ Ans, 很抱歉，基於商业考量，我们无法提供计算过程，但是你买来测就知道。 我又问 那，如果我全部买来测，万一都没活性怎麽办？ 或是IC50多少才算有活性？50 uM? 10 uM? 还是100 nM? Ans, 很抱歉，我们没办法回答这问题 心中忍不住OS, What the Fxxx!!! 你们是想赚钱想疯了吗？ 在新药开发的这个领域里面 大约在一二十年前，电脑辅助药物设计真的是很红得一个领域 但是这段时间过去了 却逐渐退烧 不是电脑运算能力越来越强 应该要越来越精准才是阿 很抱歉，我只能说还差得远 目前药厂的主要策略，还是以HTS为主 眼见为凭 药厂里面的in silico的部门，跟外面有什麽不一样？ 药厂一般不太用商业套装软体（像是DS等） 他们需要的，都是自己开发比较多 如果你只能用商业软体 你能做的，就是调参数 那你可以做的，人家也可以做 请问你的niche在哪里？ 最近在一些场合 听到了目前药厂不一样的走向 对於计画的发展 电脑的角色，逐渐从prediction走向diagnosis 以前想知道行不行 现在想知道的是为什麽不行 所以越来越多药厂投入到data mining的领域 也就是重新回过头去审视过去的资料 另一方面，以多醣体来说 要发展这类新药，最大的挑战在於合成 今天假设您提供了一个多醣化合物 说很有效，而且没有毒 但是合成需要50步 请问，合成的风险跟成本如何说服金主？ 就算合出来了，您能保证一定有活性吗？ 如果没活性，耗费的时间、人力、金钱，谁该负责？ 又，如果真的初步in vitro活性很好 那要准备进入in vivo实验 请问，要合成克级的化合物，需要多少成本？ 那更不用说以後要做毒理所需要公斤级的化合物了 说了一些有的没的 只是奉劝楼主，要投钱进去前要想清楚 如果您的技术真的很厉害， 药厂早就抱着大笔现金来找 不需要到网路上问 另外，以实做面来说 您对您的技术，有多少信心？ 要说服金主相信你的计算结果而不是实验结果 这需要很多很大的力气 以上供参考.... --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 211.76.175.170 光是合成部份，目前没有程式可以帮你设计路径 这也是做计算的，跟实际要合成分子的人之间无解的问题 计算的人总认为自己设计的分子非常有效 但往往做合成的一看结构就知道是天马行空的想法 我们过去run project的经验 做计算的人画出来的分子，可以合理合成的，少之又少 随便举个例子，做计算的往往不知道什麽叫做chiral center 光是看到分子内有数个chiral centers 你知道合成的实验室要花多久才能合成一个电脑画出来的分子吗？ 更别说，当你的API有chiral center的时候 後续在manufacturing 上有多少工作要做？ docking是一种概念，演算法各家不同， GOLD, AutoDock, iGenDock 等都不一样，能处理的范畴也不一样 谁说是速度的问题而已？ ※ 编辑: penx 来自: 211.76.175.170 (11/27 13:13)