作者sherylcrow (鲈鳗阿德)
看板Bioindustry
标题Re: 请教 目前大家对bioinformatics的看法
时间Fri Jul 1 02:47:36 2005
你用现实生活去推理是没问题,但是忘了回归到biology.
这五十人,一定100%考上台清交.也就这五十人,是考上台清交的指标.
换句话说,这五十个genes是,得癌症(在此以肝癌为例)的指标.(得癌症=考上台清交or
考试).
再换句话说,也就是得肝癌的病人,一定会有这五十个genes的表现.
你把这五十人称做精英班,我把这五十个genes称做biomarker.
那你就用这五十个genes去设计microarray就好了,去检验是否得肝癌.
准确度正如你一开始假设一定考上台清交(一定得肝癌).
至於以後若发现也一定能考上台清交的人,那你的精英班,就会从50升至51,52.....人
那我的biomarker也会变多....microarray点也会变多.准确度也一样如你假设(一定
考上台清交).
[考上是精英班的贡献吗?]这句话你是想表达:(得肝癌是biomarker的因素吗?)?
假若你想表达是这意思的话?.假若[考上是精英班的贡献]受到怀疑?那之前发表paper
的科学家会被人家[打抢].
DNA transcription mRNA,mRNA translation protein.
现今的microarray大多检测mRNA,mRNA没有表现那来的protein.除非Ribosome不需要
mRNA就能生出protein.
antibody array,目前还未能点很多protein在上面,目前大约可点近一万个protein.
因protein结构不稳定,容易裂解,有些protein易受温度,PH值....等影响.所以还不能
测太多.不过未来这是一个趋势,也有些实验室开始用Lab on a chip在开发antibody
array以解决分子上的问题.以後也可能会成为检验的新工具之一.
目前己经知道得癌症,并非只是单一基因调控所引起的,而是由一群相关基因所调控的.
传统检测肝癌指标afp,就是以单一基因所表现出的protein做检测,来断定你是否得
肝癌,但并非所有得肝癌的人,都会表现afp,这就是传统检测上的误差.
而microarray一次看多个基因,假若找到一群biomarker的基因,更能提高检验的可信度
.而不是由单一基因(afp)决定是否得肝癌.
※ 引述《coyot (coyot+e)》之铭言:
: 大学指考开始了 我举补习班当例子
: 如果一个补习班有2万5千名考生(25000个基因)
: 经过一堆模拟考後 补习班为了赚钱再推出精英班
: 说只要模拟考总平均在前50名的可再几万元 进精英班拼1个月 保证考取台清交
: 考试结果果然这50名都进台清交.. 补习班就大幅宣传"精英班之优点"
: 我只听过课 不像sherylcrow或其他2位对microarray有专业知识
: 但我想到的是以前硕士班训练之下给我的逻辑推理关系
: 精英班这50名 如何产生的? 参考之前几次模拟考成绩
: 所以你再给他们模拟考 甚至於大学指考 他们依旧是优秀
: (array上要检测那些基因 是依据已发表的众多papers之研究结果
: 你再用任何方法去研究 这些基因都还是会跟所指出的癌症疾病有关)
: 然而"要精英班才会考上台清交吗? 考上是精英班的贡献吗?"
: 上面2问题在逻辑推理上都是有问题的
: 考上台清交的也有一直表现平平 没能进精英班 但最後靠自己而获胜的
: 同样的 目前还没有被发现的基因作用 也许亦会影响某癌症或其他疾病
: 这些基因在目前是没有papers去证实他 但没有人敢拍胸脯说不存在
: 所以拿array的检测结果只能说 以目前科技检测下此受检者是否有某癌症
: 但在未知知识下 无法100%说 受检者有没带有某尚未被发现或证实致癌基因
: 或某个尚未被发现或证实的致癌基因是否已经在表现
: 目前许多癌症生化检测 靠的是蛋白 在基因层次还只是学术研究离临床还有距离
: 所以目前有蛋白质晶片的热门兴起
: 以上我是站在若某一天我成了受检者 我所疑虑的
: 我目前宁可用传统生化检测还比较可靠
: array data 说有癌症 只是乌龙算是还好 顶多受惊了
: 但若说没癌症 但其实是有 而没检测出来 那将会是一条生命的误诊
: 在统计归纳上 也许将来array能分析到80%的可信度
: 但也表示有20%的误诊 这对关系到生命的检测而言是需要去改善的
: 而20%误诊中 却可能包含了 一些未知的基因机制(未选入精英班的学生)
: 这部份是最大盲点 且无法由目前的microarray领域去改善它
: 只能消极等待学界对癌症的更深入了解
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.59.159
1F:推 coyot:我所要表达的不是"得肝癌是biomarker的因素吗" 61.228.137.216 07/01
2F:→ coyot:而是"得肝癌一定是microarray所选入的基因的表现吗 61.228.137.216 07/01
3F:→ coyot:microarray说没得癌症 那一般人都会以为"没癌症"了 61.228.137.216 07/01
4F:→ coyot:所以若此时因为某些致癌基因尚未被发现 而未被选入 61.228.137.216 07/01
5F:→ coyot:那这些受检者将面临"因相信而死亡"的命运 多基因 61.228.137.216 07/01
6F:→ coyot:牵连的问题是目前我们所知道的 而更因感受到癌症的 61.228.137.216 07/01
7F:→ coyot:基因表现之复杂 在研究尚未有一定程度了解之前 61.228.137.216 07/01
8F:→ coyot:所做出来的microarray 真的只能把病人当白老鼠 61.228.137.216 07/01
9F:→ coyot:不管检验的是mRNA还是抗体蛋白都一样 61.228.137.216 07/01
10F:→ coyot:传统检测肝癌指标有他的误差 但若想用array取代那 61.228.137.216 07/01
11F:→ coyot:误差要做的比传统小才行 而基因太复杂 目前不可能 61.228.137.216 07/01
12F:→ coyot:你说之後发现新基因就再加入array就好了 说的简单 61.228.137.216 07/01
13F:→ coyot:这"现在"到"以後"期间 会有多少人因相信array而死 61.228.137.216 07/01
14F:推 coyot:我不是反对microarray 事实上我也在留意其发展 而 61.228.137.216 07/01
15F:→ coyot:我在意的是在 array的点数与判读精准度上 此又牵涉 61.228.137.216 07/01
16F:推 coyot:科技的瓶颈 与病人的生命 所以才会觉得还有一段长 61.228.137.216 07/01
17F:→ coyot:路要走 61.228.137.216 07/01