作者sherylcrow (鲈鳗阿德)
看板Bioindustry
标题Re: 请教 目前大家对bioinformatics的看法
时间Thu Jun 30 00:57:28 2005
我不太清楚coyot前辈的意思,[还是相互参考而成的,若是参考而成 拿"成"再反证
当然有如老王卖瓜罗].不过我想你应该了解QPCR是什麽东西.
做分子实验的,非常注重实验的反证,就连microarray内部都会有control点,microarray
实验是否成功,会由control来反应,QPCR内部也会有control gene.不论做什麽实验都会
有control,主要是来反证你data 的可信度.
现在microarray 的 paper,大多都会再做QPCR or northern blot,来证明array data
的可信度.
目前检测肝癌,最具代表性的gene是AFP,但并不是每个得肝癌的病人会有表现.
但它却在临床检验上使用很久了.
牺牲...真抱歉我没表达清楚,我指的牺牲不是病人,而是要有人去开发array
去牺牲,才会去改良.
※ 引述《nightcatman (夜猫)》之铭言:
: ※ 引述《sherylcrow (鲈鳗阿德)》之铭言:
: : 以我们lab做affymetrix human genomic u133 plus2为例,
: : 我们做了十三片,一片近五万元....
: : 有些做了 repeat,用统计计算片与片之间的相关系数R值至少有0.95以上.
: 唔...好神...
新加坡的Limsoon Wong使用affy做血癌...就近三百片了
史丹佛大学,做array是最有名了,光是肝癌就二百多片了
: 可以请问一下你在算R值的时候有算进一大堆低表现量的基因吗?
我们有cutoff的标准,R值只是看Raw data的线性相关,事後还有做normalization.
: 那可能就是高R值的来源...
: 另外以u133 plus2而言
: 其稳定性仍旧是学术研究的等级
: 他的规格书里也有写明
: "For research use only. Not for use in diagnostic procedures."
嗯..是没错,你应该也有看到这段话.
The GeneChip Human Genome Arrays provide gene expression data for
a multitude of applications, including:
· Uncovering new regulatory pathways
· Validating drug targets
· Clarifying diseases
· Analyzing toxicological responses
· Building robust databases
: 就是因为临床医疗上所要求的稳定性标准比学术研究要高得多
: 你最後说的"选出具代表性的基因"确实是重点
: 像u133 plus2这麽多点的array,相对上来讲稳定性就比较低 (还好它是Oligo)
affy设计probe有PM与MM,来计算点的可信度,以及intensity.
: 那只是在研究初期乱枪打鸟用的
呵....是没错...不过国外已经打了很多只鸟了...
: 如果可以透过一连串大规模的实验
: 确实的针对某种疾病找到可靠的marker,并藉此缩减点数
: 稳定性就会提高许多
: 价格也才有可能cost down
: Anyway, 如同我想表达的,这些都还只是未来的愿景
: 做学术研究ok
: 但在临床医疗上还是保守一点的好
目前学术到临床是有段距离,严谨是一定要的.
目前政府某单位,正计划将microarray运用在动物疾病检验上.
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