作者sherylcrow (鲈鳗阿德)
看板Bioindustry
标题Re: 请教 目前大家对bioinformatics的看法
时间Wed Jun 29 03:26:57 2005
原文恕删.
我觉得microarray的data,还是其可信度的.
以我们lab做affymetrix human genomic u133 plus2为例,
我们做了十三片,一片近五万元....
有些做了 repeat,用统计计算片与片之间的相关系数R值至少有0.95以上.
intensity的可信度至少有六,七成.
我们使用GeneSpring去分析,找到某些基因.
事後做QPCR,都与array值符合.
我倒觉得以现今affy公司的技术,比起cDNA array稳定多了.
至少,很明显减少了双萤光问题,cross-hybridization.
但affy还是会有些问题,即使repeat在多次,还是一样,有些涉及到分子结构问题,序列亲和
力问题,即使是QPCR也是会有的,
Scanner的技术也越来越好,辨读能力变强了,有些还有3D影像分析,不再像以前平面分析.
改良microarray的技术也是很多人在做,用什麽材料当基底,铺上什麽化学,probe设计.
其实microarray的技术已经改良许多,即使是cDNA array也是一样.
但许多的人的观念还停在四年前microarray的时代,认为那是不可信的.当时在台湾做
microarray的学者,都被炮轰.但在国外却是如日中天,现在上NCBI查一下都上万篇了.
我觉得现在做microarray最大的问题,在於分析出来的资料,生物的意义性.
如何运用.现在有很多用microarray来预测gene regulator network,近而有些整合到
systems biology.也有很多用microarray来发现新药.
今年 cell paper,作者Johnson利用microRNA microarray找到let-7,并证实在
lung cancer为down-regulation,可仰制RAS oncogene的生长.
这重大的发现...使更多学者讨论..可以用在临床基因治疗(let-7)
所以microarray检验的应用,指日可待,在台湾也有些学者将microarray运用在动物检验上
.重点在於点在chip上的基因.不用多,要有代表性的意义.自然材料成本会降低.
另外array CGH也是一大突破,比传统CGH更精准.CGH跟cancer的相关性,我不多讲.
将CGH用在临床检验也有.
总而言之,总要有人去做,去牺牲，,找问题,去改良,才会进步.
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.59.159
1F：推 coyot:问题就在"chip上的基因之代表性" 61.228.121.59 06/29
2F：→ coyot:使用GeneSpring去分析,找到某些基因 事後做QPCR也 61.228.121.59 06/29
3F：→ coyot:都与array值符合...so what 试问两者的发展之独立 61.228.121.59 06/29
4F：→ coyot:的吗? 还是相互参考而成的 若是参考而成 拿"成"再 61.228.121.59 06/29
5F：→ coyot:反证 当然有如老王卖瓜罗...如果今天基因与疾病的 61.228.121.59 06/29
6F：→ coyot:机制与关系都清楚了 那一堆做分生的不就都要失业? 61.228.121.59 06/29
7F：→ coyot:microarray只能用已知的基因之代表性去发展 但已知 61.228.121.59 06/29
8F：→ coyot:与"真实"有多大距离呢? 哪个学者敢拍胸脯保证0误差 61.228.121.59 06/29
9F：推 coyot:总要有人去做是没错 但不能拿病人来牺牲 这也是 61.228.121.59 06/29
10F：→ coyot:nightcatman版友一直在强调的吧 61.228.121.59 06/29