作者Neisseria (Neisseria)
看板BioMedInfo
标题Re: [求救] 使用Galaxy无法input reference genome
时间Tue Aug 22 15:52:35 2017
虽然有点泼冷水,建议不要弄 Galaxy 了
基本上,Galaxy 是 web UI,底下包很多 bioinformatics tools
但是天下没有白吃的午餐,中间的连动还是要有人去写流程串接
但是,Galaxy 有点 under-documented;很多资料其实都很难找
虽然 Galaxy 已经是非商业软体的 bioinformatics workflow 第一把交椅
但是真的很难除错
我先前就帮实验室装某个在 Galaxy 中运作的 R 套件,搞半天弄不起来
後来不想弄了,直接在自己电脑上开 RStudio 跑,很快就跑完资料了
说实在的,Galaxy 是给不会写程式的人一些方便
但是实在很难维护,後来都嘛不太想用
如果资料量少,自己实验室的 server 用 Linux 终端机跑一跑就好了
如果资料量大,看要不要到国网中心跑
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