※ [本文转录自 Biotech 看板 #1Pcy0DZb ] 作者: keroromoa (夏天一到就凸显自己很鲁) 看板: Biotech 标题: [求救] 使用Galaxy无法input reference genome 时间: Tue Aug 22 13:24:24 2017 小弟目前正在使用Galaxy proteogenomics进行分析测试， 由於不确定Galaxy能够input多大的data， 所以目标是在实验室架设主机，将Galaxy tutorial的workflow复制到实验室的server http://js-157-167.jetstream-cloud.org/　（需要注册才能查看tutorial workflow） 将workflow所需要的tool全部都安装完後， 发现大多数的tool在select a reference genome(annotation)全都显示空白，如附图所示 红框中，Galaxy主机在各个tool的reference genome(annotation)中都有出现相关的索引 http://imgur.com/NoNNgFe http://imgur.com/RIgFN6f http://imgur.com/SWYyas8 绿框中，实验室的主机在各个tool的reference genome(annotation)中都呈现空白 http://imgur.com/gahVZAX http://imgur.com/Ne5quYH http://imgur.com/KSxIpr4 接着参考这个教学，https://goo.gl/QCxU9e，用data manager来建立built-in genomes 可是按照教学先从UCSC/NCBI存在的资料库import进去， 不管怎麽修改DBKey或accession number都是无限error http://imgur.com/jCHi0Xt 於是自己从UCSC下载hg38 fasta file，用new的方式import http://imgur.com/Tm54uhG 虽然成功了，但是workflow相关的tool（Bowtie2、BWA）却依旧No options available http://imgur.com/YipCPjW http://imgur.com/44HRLNN 在只能用远端连线而无法动主机在linux上输入指令的情况下， 请问各位前辈还有什麽方法能解决吗？ 虽然里面有说请直接联系Galaxy， 可是那个意思看起来比较像如果题目较冷门找不到reference genome可去联系， 不过我想要的reference genome只是很基本的human GRCh38（hg38）啊...谢谢大家~ --

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