作者tirecake (Allo le monde)
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标题Re: [问题] 有关Real-time PCR 数据分析
时间Thu Nov 27 22:58:24 2014
※ 引述《ophisoka (Hisoka)》之铭言:
: 我现在手上有一种未知功能的蛋白质
: 已经有这个蛋白的 KO mice
: 老板要我取 wild-type and KO mice 不同器官的RNA跑RT-PCR
: 比较相同器官中 WT and KO mice 这个蛋白基因的表现量
: 但跑完後我不清楚数据要如何分析
: 因为没有一个 wt and KO 都可以用的标准值
: (我目前用的算法是把其中一个器官当1 但是KO也这样算好像就不对了 因基准点不一样)
: 有没有什麽算法是可以取所有sample的绝对值(control是GAPDH)
: 然後可以做出WT and KO 目标基因表达性差异的图
: 还有 我wt 已作3重复,要如何把3次统合起来
: ※ 编辑: ophisoka (140.123.186.178), 11/26/2014 16:47:30
例如说
萤光亮度_肝脏: WT-X(100) KO-X(75) WT-GAPDH(300) KO-GAPDH(500)
X对GAPDH做校正 定WT-X仍为100 KO-X校正後为45
如果要比不同器官 感觉应该要跑在同一块胶 才可以把某一器官当1
关於三重复 是有三只小鼠 三个肝脏 三管RNA 三管cDNA?
应该也是要三个跑同一块胶+各自GAPDH 校正後的值平均
KO同理 两者做t-test分析 bar chart+error bar
最後 一块胶应该跑不下超过15~20
所以要比较肝脏 心脏 肾脏 肺脏 可能要用比例做比较
化成比例的人工计算越少越真实
(不是很确定 一起讨论)
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