作者shujuli (lucia)
看板BioMedInfo
标题[问题] 利用SRA资料库预测siRNA位置
时间Thu Apr 24 15:55:18 2014
各位生资高手们！小妹有问题，老板要我利用NCBI上SRA的资料库（GSO number GSE42966），利用基因序列 ( accession X14591) 做blast预测siRNA并制作下网址paper的图，但我对这根本不了解，比对资料库只会跑出35nt的平均序列，我要的21nt序列为何比对不到呢？参数设定也没看到长度选项@@
最终得到序列後就是要制图，请问这篇paper的Fig. 5要用什麽软体制作呢？
http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-14-63.pdf
麻烦各位解答，感激不敬！
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1F：推 gsuper:笑死我了 你看看你最後一个字 自称小妹 更颇呵 04/26 23:58
2F：→ shujuli:亲爱的gsuper，哈笑完了可以帮帮我解决问题吗？感谢^^ 04/27 01:43
3F：推 hajimels:siRNA 21nt大概就是miRNA那样的长度 这是mature form 04/28 12:50
4F：→ hajimels:你说的Accession Number我找不到东西 04/28 12:52
5F：推 hajimels:我刚才无聊随便拿一个miRNA mature form sequence 04/28 12:55
6F：→ hajimels:用blastn对 有钓出该miRNA的precursor阿 04/28 12:56
7F：→ hajimels:我想你钓出的序列可能是precursor form吧 04/28 12:57