作者YMLS (流逝於指缝的沙)
看板BioMedInfo
标题Re: 来玩玩真的问题好了(原Re: [公告] 新增版规第二条)
时间Sun Apr 8 02:27:00 2012
由於不清楚原po的实验动物是否具有reference，所以以下均以没有reference来看待~
※ 引述《lingon (林果)》之铭言：
: 我先抛砖引玉先丢个实际遇到的问题让大家讨论看看
: 要不然整天只剩上世纪的问题跟要paper 也不是办法
: 今天我有十对Tumor/Normal sample pair for cancer X, fresh tissue
: 已经制造了如下:
: 1. 两对 full genome sequence
CNV, non-synonymous SNP, (large, small, non-synonymous) INDEL,
Structural variation, Gene prediction + blastp, GO, KEGG,
fusion gene
: 2. 一对 (Tumor/Normal) RNASeq transcriptome
同第一点之外，还可以加上alternative splicing,
: 3. 三对 full genome Methylation array
: 4. 两对 mRNA array
对array不熟...
: 目前除了做CNV detection, Differential expression 等较平常的分析外
: 还开始看RNA editing, 除此之外, 不晓得大家有什麽其他可以切入的角度
: 来分析这份资料?
原po应该是做NGS的吧？一些NGS相关的资料可以到以下网站看看... :D
http://yourgene.pixnet.net/blog
网页文章会不定期更新～
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.113.3.112
※ 编辑: YMLS 来自: 140.113.3.112 (04/08 02:29)