※ 引述《brasil (巴西小子)》之铭言： : 大家好~ : 小弟最近在研究NGS方面的问题 : 因为跟先前用过的资料库有点不太一样 : 所以有一些基本的问题想要请教各位 : =========================================================================== : 目标是想要进一步的分析NGS所定序出来的序列 : 1.请问我要如何下载序列 : 我知道在SRA资料库下载的序列都是.sra档 : 刚刚稍微研究一下可以利用fastq-dump这个执行档来转换成.fastq档 : 假设我想要研究的主题是人类的whole genomic DNA : 请问我要如何下载到这些序列 : (因为我在SRA里只看的到ACCESSION number，但我不知道这些number是什麽物种) 理论上可以根据ACCESSION number 反查到物种名称啦~ : 2.在.fastq档里有一个栏位是spot，请问这是代表什麽意思? : 3.在.fastq档里有很多条序列 : EX: : @SRR096072.lite.sra.1 FVUWOJD02F4NLA length=255 只是说明是编号&取得到的长度 : ATCG...... NGS所得到的SEQ : +SRR096072.lite.sra.1 FVUWOJD02F4NLA length=255 只是跟第一行的ID是一样的 : FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFIIIIIIIIIIIIIII... 序列每一个NT的Quality 不同的符号有不同的代表意义 简言之: FASTQ是四行为一组 第一列&第三列理论上是一样的东西,要做的是这两行的ID是否一样 第二列为NGS序列本身 第四列则为序列中每个相对应的NT的Quailty : @SRR096072.lite.sra.2 FVUWOJD02G1J77 length=290 : ATCG...... : +SRR096072.lite.sra.2 FVUWOJD02G1J77 length=290 : FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFIIIIIIIIIIIIII... : @SRR096072.lite.sra.3 : . : . : @SRR096072.lite.sra.4 : . : . : @SRR096072.lite.sra.5 : . : . : . : 请问我该如何读这些序列? : 是@SRR096072.lite.sra.1 继续接 @SRR096072.lite.sra.2 : 继续接@SRR096072.lite.sra.3 一直下去这样吗? : 抱歉问题有点多，有劳各位了!! 其它就给其他强者说明啦~ --

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