尝试回答一下 如有错误还请各位先进指正 ※ 引述《holybeetle (圣甲虫)》之铭言： : ※ [本文转录自 Biology 看板 #1CCgPZ1Y ] : 作者: holybeetle (圣甲虫) 看板: Biology : 标题: [问题] 基因marker筛选软体-Haploview criteria 设定 : 时间: Tue Jul 6 11:43:21 2010 : 【问题】： : 实验室所使用的初步gene marke筛选软体-Haploview : 1.check marker中 : 将minimum minor allele freq.改成0.1(排除< 0.1的基因点) : 这个设定为0.1, 0.5 或0.8..的差别在於? 差别在於若设为0.1,则所选出的SNP的MAF都会高於0.1. 由於SNP(通常)只有两个allele, MAF的范围为0到0.5,major allele frequency 则为1-MAF. 若是一个SNP的MAF是0.01, 则表示平均来说,100个人中只会有1个人带有minor allele. 若是一个SNP的MAF是0.5, 则表示平均来说,100个人中会有50个人带有minor allele. 在样本数不大的情况之下,选择MAF太小的SNP可能会导致全部的样本都带有major allele. 没有variation的话,这个SNP就算是白做了. 因此一般会设定一个限制,让MAF不要太小. MAF>0.05的SNP,一般称为common variation. : 2.Tagger的视窗下 : 设定aggressive tagging : (pairwise tagging only, use 2-marker haplotypes, use 2- and 3-marker : haplotypes) : 各有什麽意义? tagging是用一个SNP的allele去tag另一个SNP的allele. 举例来说, SNP1 的A allele 和SNP2 的T allele必定同时出现的话, 那我们只需要genotype SNP1就可以获得SNP1 和SNP2的所有资讯. 在这个例子中, SNP1 和SNP2 就是pairwise tagging. 再举一个例子, 若SNP3-T allele 和 SNP4-A allele 所形成的haplotype, 必定和SNP5的G allele同时出现, 则我们可以用SNP3加SNP4来tag SNP5, 这可以称为2-marker haplotype tagging. multiple marker tagging (相较pairwise tagging)的问题是: 1. 要多genotype 一些marker 2. 带有特定haplotype的样本可能不多,tagging的效果可能不好 : 3.r square threshold : 设定在0.8有什麽统计上的意义? 表示所选到的tagging SNP和被tag的SNP之间的r square最小是0.8. 简单的来说, 如果tagging SNP和tagged SNP之间的r square越小, 就需要愈大的样本数来达到相同的统计检定力. 举例来说, 在直接genotype tagged SNP的情况下,如果需要100个样本才能达到想要的统计检定力. 如果tagging SNP 和tagged SNP之间的 r square 是0.8, 在genotype tagging SNP的情况下,我们需要125个样本才能达到相同的统计检定力. 当然r square 愈高,可以选择的tagging SNP 愈少,但是tagging的效果愈好. 0.8是一个常用的threshold. : 4.LOD threshold for multi-marker test : 软体本身设定为3.0是依据什麽原理? 因为LOD score > 3.0 会对应到统计上常用的significance level... : 【问题起因】： : 指导教授希望我去了解这些设定有何依据, 原理为何? : 【个人看法】： : 自己有先看过Help的部分, 但是软体说明大多是有看没有懂 : 网路上有一些关於r square的部分, 但是不知道有什麽意义 : 如下: : The lowest r2 set at 0.1. : The square colors in the LD triangle vary between blue (cold for LD, r2 = : 0.1) to red (hot for LD, r2 = 1.0) with white squares indicating no LD (r2 : <0.1). : However, r2 of 0.1 is not very useful, and many of the sites in this gene : are not in LD (more white and blue squares than red or other colors). : 因为自己是半路出家的, 没有任何基因或统计上的背景... : 也很不巧的...没有学长姐可以请教 : 因此希望好心人是可以提供解答或方向 : 非常感谢!! --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 24.62.24.169