作者holybeetle (圣甲虫)
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标题[问题] 基因marker筛选软体-Haploview criteri …
时间Tue Jul 6 11:55:54 2010
※ [本文转录自 Biology 看板 #1CCgPZ1Y ]
作者: holybeetle (圣甲虫) 看板: Biology
标题: [问题] 基因marker筛选软体-Haploview criteria 设定
时间: Tue Jul 6 11:43:21 2010
【问题】：
实验室所使用的初步gene marke筛选软体-Haploview
1.check marker中
将minimum minor allele freq.改成0.1(排除< 0.1的基因点)
这个设定为0.1, 0.5 或0.8..的差别在於?
2.Tagger的视窗下
设定aggressive tagging
(pairwise tagging only, use 2-marker haplotypes, use 2- and 3-marker
haplotypes)
各有什麽意义?
3.r square threshold
设定在0.8有什麽统计上的意义?
4.LOD threshold for multi-marker test
软体本身设定为3.0是依据什麽原理?
【问题起因】：
指导教授希望我去了解这些设定有何依据, 原理为何?
【个人看法】：
自己有先看过Help的部分, 但是软体说明大多是有看没有懂
网路上有一些关於r square的部分, 但是不知道有什麽意义
如下:
The lowest r2 set at 0.1.
The square colors in the LD triangle vary between blue (cold for LD, r2 =
0.1) to red (hot for LD, r2 = 1.0) with white squares indicating no LD (r2
<0.1).
However, r2 of 0.1 is not very useful, and many of the sites in this gene
are not in LD (more white and blue squares than red or other colors).
因为自己是半路出家的, 没有任何基因或统计上的背景...
也很不巧的...没有学长姐可以请教
因此希望好心人是可以提供解答或方向
非常感谢!!
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 218.170.66.118
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