※ 引述《Phaeton (凰呀的鸣叫~)》之铭言： : 网路上google後 看到几个比较常用的 : TargetScan : http://www.targetscan.org/vert_40/ : MicroRNA.org : http://www.microrna.org/microrna/home.do : PicTar : http://pictar.mdc-berlin.de/ : 我自己是用了一些已知的Human cell cycle相关基因去测试 : 比方说 BRCA1 BUB1B CCNE1 当然还有其他的 : 可是常常会看到 有database是no results 有的是预测的结果不同 : MiR target到mRNA上 : 我记得是认其3'UTR : 可是结果为什麽会有这种差异 : 总觉得应该要predict出来的microRNA应该会有些许的重复 : 比方说BUB1B在microRNA.org有let7c 但是TargetScan又没有 : 请问是我那里的观念有错误? : 谢谢 首先呢 我假设你已了解miRNA是如果去binding他的target和其调控机制 miranda 的prediction方式 是以base-pairing 计算其最低能阶(亦是最安定)的情况 另外 此演算法是不考虑所谓的seed region的 相反地 TargetScan的演算法上是有考虑seed region而且是一个重要的factor 因为至少要符合seed region的 8mer, 7mer-m8, and 7mer-1A规则才会是可能的targets 另外会计算context score 这个score有考虑许多生物上的因素 像是在一个3'UTR上同一个miRNA的putative binding sites有多少? AU-rich, 距离stop codon或是poly-A的位置等 但是在targetscan的offical site上有一个很大的问题! 就是有考虑conserved 所以 我个人建议 去看单一物种的prediction就好 他有perl的code 你也download下来自己算 不要去考虑conserve 目前看起来没有conserve也一样可以是predicted targets ps. pictar似乎很久没有更新了 so我没接触 另外有一个IBM它们的RNA22 跟miranda很像 -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【今晚的天空有一颗流星划过 在预言着什麽】|> --

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