※ 引述《higamanami (大眼埃及猫)》之铭言： : ※ [本文转录自 Biotech 看板] : 作者: higamanami (大眼埃及猫) 站内: Biotech : 标题: [求救] 找寻EMSA用的sequence : 时间: Mon May 25 00:59:56 2009 : 如题 : 由於这个基因目前没有人做过同物种的EMSA : 有作过的只有大鼠的 : 现在首要之急是设计probe : 我从promoser把基因的代码输入找寻Transcription start site前面的序列 : 觉得有点奇怪 竟然是将mRNA的代码输入 而不是该基因DNA的序列 (试过却找不到) : 另外用人工比对的方式 在NCBI先查该基因的序列 然後再查mRNA的序列 : 来看出从哪个nucleotide开始之後是transcription start site : 发现两个方法找到是不同的序列 : 到底哪个方法是正确的呢 你要先看你用的promoter database是怎麽去define他们的promoter的 是第一个ATG才算是启始点，还是一般我们定义的TSS 有些人会觉得第一个ATG才算TSS anyway,我觉得都OK,但是在使用上你要知道有差就好 ps. 有些database的promoter region是有reference做为evidence的 那些有更保险一点 : 另外 也请大家介绍几个预测transcription factor binding sequence的网站 : 目前我已试过JASPAR TRANSFAC Match Consite rVista PROMO : 发现有些预测序列还差真多 : 真不知该选哪些 命中率才高 : 请大家提供一下经验 : 多谢罗 是差很多没有错 但大都是出自於他背後所用的方法而已 所以...也不太能说哪个较好 原则上 1. 以position matrices比对, 会比用单纯的motif去比对要好 2. 该TF binding site, 若是一个conversed region, 那成功机会也较大 所以小弟认为 你都用没有关系 但你可以把其他物种的序列再放一起比对 看看conserved region上有哪些 印象中已经有工具是有考虑conserved的情形了 但我一时有点想不起来 我离开promoter analysis这块已经有2年多了... 应该变了不少 以上 大致如此吧 也不算有帮上你什麽忙 有问题再提出来看看 -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【 http://www.wretch.cc/blog/hajimela 】|> --

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