作者huggie (huggie)
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标题[讨论] 生资的五个定义
时间Wed May 6 11:46:22 2009
生资的五个定义
http://bytesizebio.net/index.php/2009/02/27/not-dead-overloaded/
Iddo Friedberg，BioPython 的主要作者之一，认为 "bioinformatics"
这个字眼在许多人的心目中代表不同的意义，已经被多重定义搞混了，
因此在他的部落格里他尝试把生物资讯的多种角色厘清。他把生物资讯分
为五个定义 (B1 ~ B5)，我觉得解释的蛮清楚的：
B1: 撰写可以回答生物问题的演算法，例如增快重组序列的演算法，
或者是改善微阵列晶片的丛集演算法
B2: 撰写程式来解决分子生物上面的问题。跟 B1 的差别在於 B1 是一种
抽象思考，B2 是实际的程式。
B3: 处理资料储存跟工具。可以使用 B1 跟 B2 来解解决这件事情。基
本上就是把生物资料透过任何方式来呈现出来，例如网页。并且包装
B2 的工具。
许多人，尤其是做 bench 实验的人，以为 B1 ~ B3 就是所谓的生物资讯，
因此觉得生物资讯不是一种科学，而是一种工程。如果你做的只是 B1 ~ B3，
你很难取得教职。
B4: 解决生物问题（而非 B1 ~ B3 的资讯问题），透过 B1 ~ B3 来实际
解决生物问题。用 mining 来发现一些有趣生物现象等。有些 bench
学者认为 B4 不是一种科学因为缺乏 hypothesis-driven research。
但有许多 paper 发在点数高的 journal 上反驳这一个观点。从资料
中仍然可以做 hypothesis-drive research.
B5: 透过 B1 ~ B3 来解决生物问题，并且参与实验。针对生物问题，
有些问题无法单纯透过 B4 解决，需要实验的辅佐。有些学者认为只有
B5 才是真正的 hypothesis-driven research。
会有这篇文章是因为生资最近被看扁了...XD
从
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19133107 到
http://shirleywho.wordpress.com/2009/01/28/soul-searching-in-bioinformatics/
都有一些文章在讨论。
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.160.62
1F：推 hajimels:我这里都要做到B5 不然会毕不了业XDDD 05/06 12:38
2F：→ huggie:恭喜..比我们有竞争力 XD 05/07 10:28
3F：→ windincloud:我做到B5会疯掉~ 上万条要check~ XD 05/08 10:59
4F：推 hajimels:我都只有挑最有希望的做QQ 05/09 01:09
5F：→ hgsfhevil:b4是一个很暧昧的过程,mining出来的东西,没有实验验证 05/10 14:49
6F：→ hgsfhevil:要怎麽说服大家,你的东西有mining出来,大部分的人几乎只 05/10 14:50
7F：→ hgsfhevil:到b1~b3,实质上,就算有到b4,那些东西,也不足写出完整的 05/10 14:52
8F：→ hgsfhevil:论文,paper.基本上b4b5是一气喝成,我们实验室目前的顶多 05/10 14:53
9F：→ hgsfhevil:做到b3~b4中间的程度,还没完全到b4.生资不是没用,但是 05/10 14:54
10F：→ hgsfhevil:我觉得国内很多资工学者,一直无法跳脱资工的思维,加上环 05/10 14:55
11F：→ hgsfhevil:境的限制,很多生资文章充其量是b3吧 05/10 14:56
12F：→ huggie:原文有b4的例子，我没去看 :p 05/11 07:05
13F：→ huggie:"mining"这个字眼是我看了之後的自己的解释，你可以看原文 05/11 07:05
14F：→ huggie:至於B5原文的意思应该是以生物角度为出发点，并非跑了生资 05/11 07:07
15F：→ huggie:之後回头做实验验证。而是以生物角度设计实验，必要时以 05/11 07:08
16F：→ huggie:生资为辅 05/11 07:08
17F：→ hgsfhevil:我大概看了b4,他的意义是用资讯去分析一些生物的议题 05/11 11:17
18F：→ hgsfhevil:例如:基因体序列组合好了後,我们要怎麽找出每个位置 05/11 11:18
19F：→ hgsfhevil:有哪个基因,这时候用blast去比对,这算是b4的功用 05/11 11:20
20F：→ hgsfhevil:其实这篇翻译是没错的,只是我被mining这字眼搞混了 05/11 11:25
21F：→ hgsfhevil:谢谢你的分享 05/11 11:26
22F：推 ChelseaFC:若是做不到B5，实验时所用到的资料就需要有说服力，例如 05/11 21:41
23F：→ ChelseaFC:使用几近完美的资料产生高品质的result，同时应对一般公 05/11 21:41
24F：→ ChelseaFC:用资料，若取得平均以上的结果，才能说自己的方法好。 05/11 21:42
※ boblu:转录至看板 Biology 08/09 12:12