我现在抽了一些果蝇的基因 做完PCR放大後送去中研院做sequencing 现在数据已经回来了 但我现在苦恼不知道该如何align 想必大家都知道做PCR时会放入forward 和reverse端的primer 来进行DNA的复制 而假设我今天要做的事gene A好了 database上所提供的序列想必是sense端的序列(5'~3') 而在进行PCR时 forward primer是黏在antisense template (3'~5') 以5'~3'的方向进行复制,所以做出来的是sense端的序列 因此在用forward端的数据做alignment时较没问题 但rever primer呢? 在进行PCR时它是以sense 端(5'~3')为template 做出antisense 的序列,而且还是反向坐回来的 我原本想的做法是先把forward 端和revese端的数据个别依据 template座alingment,再将forward 和reverse座alignment 如此一来应该会看到在中间段有overlapping的部分 可藉此整理出完整的序列 但现在的问题出在於reverse端的数据: 1. 它是antisense的序列阿!! 这样能用吗? Mega4 有办法将他互补翻译过来吗? 2. 虽然它是由後面做回来,但是数据显示时却是以5'~3'的方式显 示,所以数据上的第一个neucleotide理论上其实是最後一个 neucleotide不是吗? 因此,在做alignment之前也要将其前後反转吗? 谢谢大家 --

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